Regularization methods for discrete inverse problems in single particle analysis
Thesis title in Czech: | Regularizační metody pro řešení diskrétních inverzních problémů v single particle analýze |
---|---|
Thesis title in English: | Regularization methods for discrete inverse problems in single particle analysis |
Key words: | kryo-elektronová mikroskopie, single particle analýza, rekonstrukce obrazu, šum, regularizace |
English key words: | cryo-electron microscopy, single particle analysis, image reconstruction, noise, regularization |
Academic year of topic announcement: | 2020/2021 |
Thesis type: | rigorosum thesis |
Thesis language: | angličtina |
Department: | Department of Numerical Mathematics (32-KNM) |
Supervisor: | doc. RNDr. Iveta Hnětynková, Ph.D. |
Author: | hidden - assigned and confirmed by the Study Dept. |
Date of registration: | 09.06.2021 |
Date of assignment: | 09.06.2021 |
Confirmed by Study dept. on: | 09.06.2021 |
Date and time of defence: | 23.06.2021 00:00 |
Date of electronic submission: | 10.06.2021 |
Date of submission of printed version: | 09.06.2021 |
Date of proceeded defence: | 23.06.2021 |
Guidelines |
Tato práce se bude zabývat řešením diskrétních inverzních problémů vznikajících v single particle analýze (SPA, taktéž nazývané single particle rekonstrukce SPR), spadající do oblasti metod zpracování obrazové informace pro aplikace v elektronové a kryo-elektronové (cryoEM) mikroskopii. Řešitel(ka) nejprve prostuduje a popíše matematický model rekonstrukce obrazu z projekcí včetně jeho diskretizace. Poté se zaměří na otázku efektivního řešení vnitřních diskrétních inverzních problémů pomocí iteračních regularizačních metod. Práce bude vedena ve spolupráci s firmou Eyen SE, která poskytne sady modelových (simulovaných) testovacích dat včetně zatížení šumem. Předpokládá se práce v programovém prostředí MATLAB a následná programová realizace v jazyce C++. |
References |
J.-J. Fernandez: Computational methods for electron tomography, Micron 43 (10), 2012, pp. 1010-1030.
J. Frank: Three-Dimensional Electron Microscopy of Macromolecular Assemblies: Visualization of Biological Molecules in Their Native State, Oxford University Press, Second Edition, 2006. P. C. Hansen: Discrete Inverse Problems: Insight and Algorithms, SIAM, 2010. F. Natterer, F. Wübbeling: Mathematical Methods in Image Reconstruction, SIAM, 2001. |