Molekulové simulace acidobazického chování oligopeptidů
| Thesis title in Czech: | Molekulové simulace acidobazického chování oligopeptidů |
|---|---|
| Thesis title in English: | Molecular simulations of acid-base properties of oligopeptides |
| Key words: | kyselina, báze, peptid, simulace, pH |
| English key words: | acid, base, peptide, simulation, pH |
| Academic year of topic announcement: | 2020/2021 |
| Thesis type: | Bachelor's thesis |
| Thesis language: | čeština |
| Department: | Department of Physical and Macromolecular Chemistry (31-260) |
| Supervisor: | doc. RNDr. Peter Košovan, Ph.D. |
| Author: | hidden - assigned by the advisor |
| Date of registration: | 18.11.2020 |
| Date of assignment: | 18.11.2020 |
| Date of electronic submission: | 06.01.2022 |
| Date of proceeded defence: | 11.02.2022 |
| Opponents: | Ing. Lucie Nová, Ph.D. |
| References |
| See the shared document below (updated continuously): https://docs.google.com/document/d/1tAvLGV8KBtYxbhrl5FXExDZ8-vFEFLxTaxJKcdl157M/edit?usp=sharing |
| Preliminary scope of work |
| Slabé polyamfolyty jsou molekuly složené z většího počtu opakujících se jednotek, které obsahují slabě kyselé a slabě bazické disociovatelné skupiny. Syntetické polyamfolyty se používají v různých pH-responzivních systémech, které se využívají například pro cílené uvolňování léčiv. Příklady přírodních amfolytů jsou peptidy a proteiny. Náplní této bakalářské práce bude studium acidobazických rovnováh a disociačního chování modelových slabých amfolytů. Konkrétně se bude jednat o krátké peptidové sekvence (cca 10 aminokyselin), jejichž chování je experimentálně studováno v naší výzkumné skupině, nebo syntetických polyamfolytů, např. poly(dehydroalanin) sutdovaný ve spolupracující skupině prof. F. Schacher na univerzitě v Jeně. Student bude provádět molekulové simulace slabých amfolytů v constant-pH souboru pomocí simulačního programu Espresso za použití zhrubených modelů vyvinutých dříve v naší výzkumné skupině. Náplní práce bude taky statistické zpracování a analýzu výsledků, které budou následně interpretovány ve spolupráci se školitelem. |
| Preliminary scope of work in English |
| Weak ampholytes are molecules consisting of several repeating units which contain weakly acidic or weakly basic dissociable groups. Synthetic polyampholytes are found in various pH-responsive systems which can be used for example in controlled release applications. Examples of natural ampholytes include peptides and proteins. The goal of this bachelor thesis is to investigate acid-base equilibria and dissociation behaviour of model ampholytes. Specifically, we will consider short peptide sequences (up to 10 amino acids), or synthetic polyampholytes. The former type of molecules is being investigated experimentally in our research group. The latter type includes for example poly(dehydroalanine) which is being investigated by our collaborators at the univesity of Jena. The student's main tasks will comprise carrying out molecular simulations of weak ampholytes in the constant-pH ensemble using the simulation software Espresso and using coarse-grained models of ampholytes previously developed in our research group. Furthermore, the tasks will include statistical analysis and processing of the simulation results, which will be subsequently interpreted in collaboration with the supervisor. |