Structure-assisted development of a continuous carboxypeptidase assay

• Thesis title in Czech: Vývoj substrátů pro kontinuální fluorescenční stanovení karboxypeptidasové aktivity s využitím rentgenostrukturní analýzy
• Thesis title in English: Structure-assisted development of a continuous carboxypeptidase assay
• English key words: glutamate carboxypeptidase II, internally quenched fluorescent probes, enzyme kinetics; X-ray crystallography
• Academic year of topic announcement: 2019/2020
• Thesis type: diploma thesis
• Thesis language: angličtina
• Department: Department of Physical and Macromolecular Chemistry (31-260)
• Supervisor: RNDr. Cyril Bařinka, Ph.D.
• Author: hidden - assigned by the advisor
• Date of registration: 17.11.2019
• Date of assignment: 17.11.2019
• Date of electronic submission: 21.06.2021
• Date of proceeded defence: 13.07.2021
• Opponents: Mgr. et Mgr. Evžen Bouřa, Ph.D.

Preliminary scope of work

Glutamátkarboxypeptidasa II (GCPII) je metaloproteáza, která je využívána jako cíl terapeutických intervencí nádorů prostaty nebo neurodegenerativních onemocnění. Cílem této práce je s využitím rentgenostrukturní analýzy navrhnout a strukturně a kineticky charakterizovat malé fluorescenční molekuly využitelné pro kontinuální měření enzymatické aktivity GCPII. Použitými technikami jsou heterologní exprese a purifikace cílového proteinu, krystalizace, sběr difrakčních data a řešení struktur enzym/substrát, kinetická měření (čtečka mikrotitračních destiček, kapalinová chromatografie).