Evolution of visual sensory system in the common barbel (Barbus barbus)

• Thesis title in Czech: Evoluce zraku u parmy obecné (Barbus barbus)
• Thesis title in English: Evolution of visual sensory system in the common barbel (Barbus barbus)
• Key words: smyslové soustavy, zrak, zrakové pigmenty, opsiny, evoluce, ryby, kaprovití, analýza transkriptomu, fluorescenční in situ hybridizace, fylogenetická analýza
• English key words: sensory systems, vision, retina, visual pigments, opsins, evolution, fish, cyprinids, transcriptome analysis, fluorescent in situ hybridization, phylogenetic analysis
• Academic year of topic announcement: 2020/2021
• Thesis type: diploma thesis
• Thesis language: angličtina
• Department: Department of Zoology (31-170)
• Supervisor: Mgr. Zuzana Musilová, Ph.D.
• Author: hidden - assigned by the advisor, waiting for guarantor's approval
• Date of registration: 05.10.2020
• Date of assignment: 05.10.2020
• Date of electronic submission: 10.08.2022
• Date of proceeded defence: 09.09.2022
• Opponents: Mgr. Jiří Pergner, Ph.D.

Preliminary scope of work

Jak vidí parma? Nevíme. V sítnici má tyčinky i čípky, ty druhé jsou zodpovědné na baerevné vidění během dne. Pak má ale parma obecná jakožto jediná dosud známá sladkovodní ryba čtyři různé geny pro tyčinkový fotoreceptor. A tyčinky slouží k vidění v noci. Všechny ostatní známé druhy ryb mající více než dva tyčinkové geny patří mezi hlubokomořské ryby, kde je zřejmý nedostatek světla. Využívá parma nějakým způsobem své genetické výbavy k lepšímu vidění za nízké intenzity světla? O zraku parmy zatím panuje mnoho nejasností, které lákají k vědeckému prozkoumání.
Metody plánované v zadaném tématu: práce s celogenomovými daty a s transkritpomy sítnice. Preparace sítnice, vizualizace jednotlivých fotoreceptorových typů metodou FISH (fluorescent in-situ hybridizace). Barvení jak celých sítnic tak i jejich řezů. Počítání čípků na sítnici. Parmy jsou součástí naší ichtyofauny, pojedeme tedy na ně i do terénu. Nejdůležitějším předpokladem pro tento projekt je motivace, vše ostatní se lze naučit. V případě zájmu se na mě neváhejte obrátit, ráda zodpovím jakékoliv dotazy.