hidden - assigned and confirmed by the Study Dept.
Date of registration:
16.10.2019
Date of assignment:
16.10.2019
Confirmed by Study dept. on:
16.10.2019
Date of electronic submission:
04.09.2023
Date of proceeded defence:
06.03.2024
Opponents:
prof. Ing. Lukáš Kalous, Ph.D.
prof. Dr. Ing. Martin Flajšhans
Advisors:
Mgr. Zuzana Musilová, Ph.D.
Preliminary scope of work
Parvalbumin je významným proteinem svalové tkáně. Protein kódující část parvalbumniového genu je u ryb segmentována třemi introny, které oddělují silně konzervované exony. Introny, které nejsou přepisovány do proteinové struktury, tak unikaly v evoluci silnému selekčnímu tlaku a jejich sekvence jsou tak mezi různými druhy ryb poměrně unikátní. Parvalbuminové introny jsou tak vhodné pro aplikované použití jako markery pro druhové určení pomocí genetických metod. Ta může mít podobu "klasické" end-pointové polymerázové řetězové reakce (PCR) či Real Time PCR s TaqMan próbou, umožňující i kvantifikaci podílu tkáně daného druhu ryby. Výstupy tohoto výzkumu mají dopad do určování druhové identity např. v obchodu s rybami, potravinářství a podobně. Cílem tohoto projektu je prozkoumat parvalbuminový gen napříč třídou paprskoploutvých ryb, aby bylo možné stanovit případnou použitelnost intronů jako PCR markerů pro odlišování druhů. Cílem molekulární charakterizace bude zejména stanovení počtu genů, nukleotidové sekvence exonů i intronů, výskyt pseudogenů a funkčních paralogů u jednotlivých skupin ryb. Jako nástroj je dále využíváno i klonování fragmentů genu do bakteriálních plasmidových vektorů a sekvenační analýzy a bioinformatické zpracování.
- assigned and confirmed by the Study Dept.