Utilization of protein radical foootprinting for stuctural biology

• Thesis title in Czech: Využití radikálového značení bílkovin pro strukturní biologii
• Thesis title in English: Utilization of protein radical foootprinting for stuctural biology
• Key words: rychlá fotochemická oxidace proteinu, protein-DNA komplexy, FOXO4, transkripční faktory, kapilární průtokový reaktor, excimerový laser, bottom-up přistup, top down přistup
• English key words: Fast photochemical oxidation of proteins, protein-DNA complexes, FOXO4, transcription factor, quench flow system, protein footprinting, mass spectrometry, bottom-up, top-down
• Academic year of topic announcement: 2018/2019
• Thesis type: diploma thesis
• Thesis language: angličtina
• Department: Department of Biochemistry (31-250)
• Supervisor: RNDr. Petr Novák, Ph.D.
• Author: hidden - assigned by the advisor
• Date of registration: 18.10.2018
• Date of assignment: 27.12.2018
• Date of electronic submission: 15.06.2020
• Date of proceeded defence: 15.07.2020
• Opponents: Ing. Petra Junková, Ph.D.
• Advisors: Mgr. Zdeněk Kukačka, Ph.D.

Preliminary scope of work

Rekombinatní příprava bílkovin, sds elektroforesa, gelová filtrace, disociace peroxidu vodíku excimerovým laserem, povrchové značení bílkovin v průtokovém reaktoru, hmotnostně-spektrometrická analýza modifikovaných bílkovin, bioinformatické vyhodnocení dat

Preliminary scope of work in English

Production of recombinant proteins, SDS electrophoresis, gel filtration, disociation of hydrogen peroxide by eximer laser, protein surface labeling in microluidic reactor, mass spectrometric analysis of modified proteins, bioinformatic interpretation of data