Interakce antimikrobiálních peptidů a jejich analogů s modely buněčných membrán
| Thesis title in Czech: | Interakce antimikrobiálních peptidů a jejich analogů s modely buněčných membrán |
|---|---|
| Thesis title in English: | Interaction of antimicrobial peptides and their analogs with model cell membranes |
| Key words: | antimikrobiální peptidy, modely buněčných membrán, vibrační spektroskopie, vibrační optická aktivita, elektronový cirkulární dichroismus |
| English key words: | antimicrobial peptides, model cell membranes, vibrational spectroscopy, vibrational optical activity, electronic circular dichroism |
| Academic year of topic announcement: | 2018/2019 |
| Thesis type: | diploma thesis |
| Thesis language: | |
| Department: | Institute of Physics of Charles University (32-FUUK) |
| Supervisor: | RNDr. Markéta Pazderková, Ph.D. |
| Author: | |
| Advisors: | prof. RNDr. Vladimír Baumruk, DrSc. |
| RNDr. Mgr. Lucie Bednárová, CSc. | |
| Guidelines |
| 1. Seznámit se s principy vibrační spektroskopie (infračervená a Ramanova spektroskopie), vibrační optické aktivity (vibrační cirkulární dichroismus, Ramanova optická aktivita) a s elektronovým cirkulárním dichroismem (ECD).
2. Vypracovat rešerši na téma peptidy s antibakteriálními účinky a jejich studium pomocí jmenovaných metod optické spektroskopie, se zvláštním zaměřením na vibrační spektroskopii. 3. Nalézt podmínky vhodné pro měření a následně změřit spektra vybraných AMP. 4. Provést analýzu dat. |
| References |
| A. Barth, Ch. Zscherp: What vibrations tell us about proteins. Quarterly Reviews on Biophysics 35 (2002) 369-430.
L. K. Tamm, S. A. Tatulian: Infrared spectroscopy of proteins and peptides in lipid bilayers. Quarterly Reviews on Biophysics 30 (1997) 365-429. M. Zasloff: Antimicrobial peptides of multicellular organisms. Nature 415 (2002) 389-395. G. D. Fasman (Ed.): Circular dichroism and the confomational analysis of biomolecules. Plenum Press, New York - London 1996. M. Pazderková: Raman optical activity of biomolecules: From simple models to complex systems (doctoral thesis). MFF UK Prague 2015. |
| Preliminary scope of work |
| Vzhledem ke stále rostoucí rezistenci bakterií vůči antibiotikům vzniká bezprostřední nutnost vývoje nové třídy nerezistentních léčiv. Vhodným kandidátem mohou být peptidy s antibakteriálními účinky (antimikrobiální peptidy), jedna z forem chemické obrany organismů proti bakteriím, houbám atp. Jde o strukturně heterogenní krátké peptidy obsahující od 5 do ca. 40 aminokyselin, které v kontaktu s buněčnou membránou mění svou strukturu a specifickou interakcí postupně tuto membránu rozrušují. Detaily mechanizmu jejich účinku nejsou zcela známy a jsou předmětem řady studií.
Náplní diplomové/bakalářské práce bude spektroskopická studie vybraných peptidů s antibakteriálními účinky, obsahujících L i D aminokyseliny v primární struktuře, pomocí metod vibrační spektroskopie (infračervená a Ramanova spektroskopie), vibrační optické aktivity (vibrační cirkulární dichroismus, Ramanova optická aktivita) a elektronového cirkulárního dichroismu. |