Thesis (Selection of subject)Thesis (Selection of subject)(version: 368)
Thesis details
   Login via CAS
Mechanisms of immune dysregulation leading to inflammatory bowel disease
Thesis title in Czech: Mechanismy imunitní dysregulace vedoucí k nespecifickému střevnímu zánětu
Thesis title in English: Mechanisms of immune dysregulation leading to inflammatory bowel disease
Key words: celoexomové sekvenování, nespecifický střevní zánět, primární imunodeficience, imunitní dysregulace
English key words: whole exome sequencing, inflammatory bowel disease, primary immunodeficiency, immune dysregulation
Academic year of topic announcement: 2017/2018
Thesis type: diploma thesis
Thesis language: angličtina
Department: Department of Cell Biology (31-151)
Supervisor: doc. MUDr. Eva Froňková, Ph.D.
Author: hidden - assigned by the advisor
Date of registration: 20.11.2017
Date of assignment: 21.11.2017
Date of electronic submission:07.06.2020
Date of proceeded defence: 10.07.2020
Opponents: RNDr. Dominik Filipp, CSc.
 
 
 
Advisors: MUDr. Michael Svatoň, Ph.D.
Preliminary scope of work
Nespecifické střevní záněty (IBD), mezi které řadíme např. Crohnovu chorobu a ulcerózní kolitidu, jsou chronická zánětlivá onemocnění gastrointestinálního traktu. Dosavadní poznatky ukazují, že na patogenezi tohoto zánětu se podílí environmentální i genetické faktory s vysokým podílem monogenních příčin u onemocnění s velice časným nástupem do 6 let věku. Geny mutované v této skupině onemocnění se účastní udržení epiteliální bariéry, nespecifické i specifické imunitní odpovědi a regulace imunitního systému (např. IL10 a IL10R). Pacienti s takovým onemocněním mají kromě IBD také jiná autoimunitní postižení či defekty imunity. Znalost patogeneze v některých případech umožňuje nasazení cílené terapie jako jediné účinné možnosti léčby.
Cílem diplomové práce je pomocí bioinformatické analýzy dat z celoexomového sekvenování u souboru pediatrických pacientů s časným nástupem IBD nalézt možné kauzální mutace a vysvětlit molekulární mechanismy vzniku onemocnění. V případě nalezení nových variant budou provedeny funkční testy prokazující jejich dopad na vznik onemocnění a rozšiřující současné poznání patogeneze IBD.
Preliminary scope of work in English
Inflammatory bowl diseases (IBDs), such as Crohn's Disease or Ulcerative Collitis, are chronic inflammatory conditions of gastrointestinal tract. Up-to-date findings show that the pathogenesis is caused by both environmental and genetic factors. A considerable number of monogenic disorders can be found especially among patients with very-early-onset IBD, who are younger than 6 years old. The mutation often takes place in genes regulating the epithelial barrier, the nonspecific, as well as, the specific immune response or the immune system in general (f.e. IL10 and IL10R). Moreover, patients suffering from IBD often have another autoimmune disease or immunity defects. Understanding the pathogenesis allows us to use a targeted therapy which is in many cases the only way how to treat the patient successfully.
The main goal of the thesis is analysing a chosen number of pediatric patients with very-early-onset IBD. The evaluation will consist of bioinformatics analysis of whole-exome sequencing data, identifying possible mutations causing the disease and explaining its molecular mechanisms. In case of a new, undescribed mutation, we will run functional tests which will prove its impact on the disorder. Additionally, it will bring to light new information concerning pathogenesis of IBDs.
 
Charles University | Information system of Charles University | http://www.cuni.cz/UKEN-329.html