Development of pulse labelling technology for studying the dynamics of protein complexes.

• Thesis title in Czech: Vývoj technik pulsního značení pro studium dynamiky proteinových komplexů.
• Thesis title in English: Development of pulse labelling technology for studying the dynamics of protein complexes.
• Key words: pulsní značení, proteinové komplexy, kapalinová chromatografie, hmotnostní spektrometrie
• English key words: pulse labeling, protein complexes, liquid chromatography, mass spectrometry
• Academic year of topic announcement: 2017/2018
• Thesis type: dissertation
• Thesis language: angličtina
• Department: Department of Biochemistry (31-250)
• Supervisor: RNDr. Petr Novák, Ph.D.
• Author: hidden - assigned by the advisor
• Date of registration: 11.10.2017
• Date of assignment: 11.10.2017
• Date of electronic submission: 28.06.2021
• Date of proceeded defence: 22.09.2021
• Opponents: prof. Mgr. Jan Preisler, Ph.D.
• Advisors: RNDr. Petr Pompach, Ph.D.
• Award: Thesis was put forward for an award

Preliminary scope of work

V rámci disertační práce bude studována strukturní podstata interakcí vybraných proteinů s DNA nebo dalšími proteiny. K tomu budou využity techniky hmotnostní spektrometrie jako jsou chemická modifikace, oxidativní značení nebo vodík/deuteriová výměna. Zaměříme se zejména na vývoj technik pro rychlou pulsní foto oxidaci proteinů/proteinových komplexů excimerovým laserem v přítomnosti nízkých koncentrací peroxidu vodíku s následnou identifikací oxidované aminokyseliny/báze v sekvenci proteinu/nukleové kyseliny. Paralelně bude kapilární upořádání pro fotoxidaci použito pro experimenty rychlé vodík/deuteriiové výměny.

Preliminary scope of work in English

The dissertation thesis will be focused on characterization of the structural basis of interactions amongst selected proteins and nucleic acids. For this purpose, structural mass spectrometry techniques such as protein covalent labelling, fast-photo oxidative labelling or hydrogen/deuterium exchange will be used. We will concentrate mainly on development of technology for pulse photo oxidative labelling of proteins/protein complexes by hydroxyl radicals. These radicals will be generated from decomposition of hydrogen peroxide by excimer. The oxidized amino acid or nucleotide will be identified. Capillary system will be tested for the use in "quench flow" hydrogen/deuterium exchange experimets as well.