Bude upřesněno: vladimir.sychrovsky@uochb.cas.cz, tel. +420 220 183 234
References
Výpočty v nukleových kyselinách: Computational Studies of RNA and DNA, 2006, Springer
Pokročilý obecný úvod do BER: Chemical Reviews, 2006, 106, 506–555
Poslední originální práce: Nucleic Acids Research 2017 (doi: 10.1093/nar/gkx157)
Preliminary scope of work
Projekt je zaměřen na základní popis mechanizmu opravy poškozené DNA na úrovní katalytických enzymatických procesů užitím teoretických výpočetních metod ve spolupráci s experimentem v laboratořích v ČR a v Japonsku. Nejednoznačná interpretace experimentálních dat je důvodem, proč jsou mechanizmy mnoha klíčových biochemických procesů v buňce stále nejasné ačkoli jejich znalost by mohla být využita např. pro návrh specifických léků. Přesná interpretace původních experimentálních dat pomocí teoretických výpočetních metod a výpočty energetický profilů originálních biochemických reakcí v rámci tohoto projektu poskytnou věrohodný a komplexní popis mechanizmů opravy poškozené DNA pro třídu BER (base-excision repair) enzymů.
Preliminary scope of work in English
The project is focused on general aspects of DNA repair by means of theoretical calculation methods in collaboration with experimental laboratories in CR and Japan. Many principal biochemical processes in cell are still unclear due to ambiguous interpretation of experimental data although their detailed knowledge could be utilized for example in design of specific drugs. Accurate interpretation of experimental data by means of theoretical calculations and theoretical modeling of original reaction pathways for catalytic reactions will be carried out to obtain reliable and complex description of the mechanisms employed by BER (base-excision repair) enzymes in the course of DNA repair.
