Koevoluce živočichů a jejich intestinální mikrobioty v kontextu koncepce holobionta

• Thesis title in Czech: Koevoluce živočichů a jejich intestinální mikrobioty v kontextu koncepce holobionta
• Thesis title in English: Coevolution of animals and their microbiota in the context of holobiont concept
• Academic year of topic announcement: 2016/2017
• Thesis type: dissertation
• Thesis language: čeština
• Department: Department of Zoology (31-170)
• Supervisor: Mgr. Jakub Kreisinger, Ph.D.
• Author: Mgr. Jan Kubovčiak - assigned and confirmed by the Study Dept.
• Date of registration: 24.10.2016
• Date of assignment: 24.10.2016
• Confirmed by Study dept. on: 24.10.2016

Preliminary scope of work

Těla živočichů jsou kolonizována komplexními společenstvy mikroorganismů, takzvanou mikrobiotou. Mezi hostiteli a jejich mikrobiotou se v průběhu společné evoluce vyvinula celá řada vzájemných interakcí. Tato úzká asociace vedla k představě že evoluce jak genomu hostitele tak i metagenomu s ním asociovaných mikrobiálních společenstev je do značné míry ovlivněna sdílenými evolučními tlaky. Tento typ asociace je označován na úrovni hostitele a jeho mikrobioty jak holobiont a na úrovni souboru genů hostitele a metoagenomu mikrobiálního společenstva jako hologenom. Termíny holobiont respektive hologenom jsou v současné literatuře týkající se interakcí mezi mikrobiotou a hostitelem značně nadužívány bez ohledu na to, že zásadní předpoklady které vymezují holobionty a jiné formy koexistence mezi živočichy a mikrobiálními organismy byly testovány jen výjimečně. Podle recentního kritického zhodnocení (Borderstein et al. 2015) je holobiont vymezen tím, že převážná část evoluce mikroorganismů probíhá v těle hostitele a že mikroorganismy tvořící součást holobionta jsou transgeneračně děděné. V průběhu svého postgraduálního studia se student bude zabývat testováním těchto předpokladů na základě analýzy svých vlastních dat a již publikovaných datasetů a za použití analytických nástrojů které začal tvořit během své diplomové práce.



Reference:
Bordenstein, Seth R., and Kevin R. Theis. "Host biology in light of the microbiome: ten principles of holobionts and hologenomes." PLoS Biol 13.8 (2015): e1002226.