Structural characterization of interaction between transcription factors and DNA

• Thesis title in Czech: Strukturní charakterizace interakce transkripčních faktorů s DNA
• Thesis title in English: Structural characterization of interaction between transcription factors and DNA
• Key words: DNA vázající proteiny, chemické sítění, vodík-deuteriová výměna, proteasy, hmotnostní spektrometrie, nízkoafinní vazebné motivy, transkripční faktory
• English key words: DNA binding proteins, chemical cross-linking, hydrogen-deuterium exchange, proteases, mass spectrometry, low affinity binding sites, transcription factors
• Academic year of topic announcement: 2016/2017
• Thesis type: dissertation
• Thesis language: angličtina
• Department: Department of Biochemistry (31-250)
• Supervisor: RNDr. Petr Novák, Ph.D.
• Author: hidden - assigned by the advisor
• Date of registration: 13.10.2016
• Date of assignment: 13.10.2016
• Date of electronic submission: 23.02.2021
• Date of proceeded defence: 16.06.2021
• Opponents: prof. RNDr. Jiří Vondrášek, CSc.
• Advisors: RNDr. Petr Man, Ph.D.

Preliminary scope of work

V rámci disertační práce bude studována strukturní podstata interakcí vybraných proteinů s DNA nebo dalšími proteiny. K tomu budou využity techniky hmotnostní spektrometrie jako je chemické sítění nebo vodík/deuteriová výměna či oxidativní značení. Zaměříme se zejména na studium interakce transkripčních faktorů s DNA a na možnosti blokování jejich vazby pomocí vysoce afinitních vazebných proteinů.

Preliminary scope of work in English

The dissertation thesis will be focused on characterization of the structural basis of interactions amongst selected proteins and nucleic acids. For this purpose, structural mass spectrometry techniques such as hydrogen/deuterium exchange, chemical cross-linking or oxidative labelling will be used. We will concentrate mainly on the study of interactions between transcription factors and DNA and the possibilities of blocking their binding by high affinity binding proteins.