Using tree edit distance to model structural similarity of RNA molecules
| Thesis title in Czech: | Aplikace stromové editační vzdálenosti pro modelování strukturní podobnosti RNA molekul |
|---|---|
| Thesis title in English: | Using tree edit distance to model structural similarity of RNA molecules |
| Key words: | bioinformatika; struktura RNA; similarity |
| English key words: | bioinformatics; RNA structure; similarity |
| Academic year of topic announcement: | 2016/2017 |
| Thesis type: | diploma thesis |
| Thesis language: | angličtina |
| Department: | Department of Software Engineering (32-KSI) |
| Supervisor: | doc. RNDr. David Hoksza, Ph.D. |
| Author: | hidden - assigned and confirmed by the Study Dept. |
| Date of registration: | 07.06.2016 |
| Date of assignment: | 30.01.2017 |
| Confirmed by Study dept. on: | 14.02.2017 |
| Date and time of defence: | 07.06.2017 09:00 |
| Date of electronic submission: | 09.05.2017 |
| Date of submission of printed version: | 09.05.2017 |
| Date of proceeded defence: | 07.06.2017 |
| Opponents: | Mgr. Petr Škoda, Ph.D. |
| Guidelines |
| Cílem práce je navrhnout a implementovat párovou podobnostní míru na úrovni terciární struktury RNA molekul s využitím stromové editační vzdálenosti. Podobnost terciárních strukutr RNA bude založena na sekundárních strukturách RNA, jako je tomu např. v [1]. Jádrem práce bude využití skutečnosti, že sekundární struktura (tj. seznam párů nukleotidů tvořích Watson-Crickovské vazby) je reprezentovatelná jako strom. Tj. dvojice RNA molekul je reprezentovatelná na úrovni jejich sekundární struktury jako dvojice stromů. Editační vzdálenost na stromech pak umožňuje, podobně jako editační vzdálenost na sekvencích, konvertovat jeden strom, a tudíž i sekundární struktury, na druhý. V rámci práce bude třeba navrhnout mechanismus, jak tuto informaci využít k superpozici struktur, na základě které se počítá 3D strukturní podobnost. Součástí práce bude srovnání navrženého přístupu se state-of-the-art metodami pro modelování podobnosti terciárních struktur RNA. |
| References |
| [1] Hoksza, David, and Daniel Svozil. "Efficient RNA pairwise structure comparison by SETTER method." Bioinformatics 28.14 (2012): 1858-1864.
[2] Jones N.: An Introduction to Bioinformatics Algorithms, The MIT Press, 2004 [3] Liljas A., et al.: Textbook Of Structural Biology, World Scientific Publishing Company, 2009 |