Genetické faktory ovlivňující složení gastrointestinální mikrobioty

• Thesis title in Czech: Genetické faktory ovlivňující složení gastrointestinální mikrobioty
• Academic year of topic announcement: 2015/2016
• Thesis type: Bachelor's thesis
• Thesis language: čeština
• Department: Department of Zoology (31-170)
• Supervisor: Mgr. Jakub Kreisinger, Ph.D.

Preliminary scope of work

Trávicí trakt obratlovců je kolonizován taxonomicky a početně velmi bohatou komunitou komenzálních a symbiotických druhů bakterií. Celkový počet bakteriálních buněk více než řádově přesahuje počet somatických buněk v těle hostitele a ještě větší disproporce jsou mezi počtem genů kódovaných tímto bakteriálním metagenomem a genomem hostitele. Gatrointestinální mikrobiota ovlivňuje zásadním způsobem fyziologii hostitele a imunitu hostitele. Konkrétně se podílí na obraně proti gastrointestinálních patogenů, zvyšuje efektivitu trávení přijímané potravy, má přímý vliv na morfologii trávicího traktu fungování centrálního nervového systému a vývoj kognitivních vlastností.
Interindividuálni variabilitu gastrointestinální mikrobioty ovlivňuje řada vnějších faktorů jako například složení potravy, interakce s gastrointesinálními parasity a celkový zdravotní stav a kondice nebo přenos bakterií díky kontaktům mezi členy dané sociální skupiny. Současné práce však ukazují, že obdobně důležitou roli hraje i celá řada genů hostitele, jejichž variabilita se podílí na struktuře bakteriálních společenstev v trávicím traktu.
Cílem této práce bude sepsat review týkající se současných znalostí o genech které a jsou zodpovědné za interindividuální variabilitu ve složení gastrointestinální mikrobioty. V praktické části se pak případní zájemci pokusí navrhnout a případně i otestovat sadu genetických markerů, které by byly vhodné ke studiu vlivu genetického pozadí na strukturu gastrointestinální mikrobioty u volně žijících nemodelových skupin obratlovců.
V případě této práce preferujeme studenty kteří by měli zájem v tomto tématu pokračovat I během magisterského studia. Magisterská práce bude finančně zajištěna právě řešeným grantovým projektem.