Interakce polyomavirových struktur v endoplasmatickém retikulu a na cestě do jádra

• Thesis title in Czech: Interakce polyomavirových struktur v endoplasmatickém retikulu a na cestě do jádra
• Thesis title in English: Interactions of polyomavirus structures in the endoplasmic reticulum and on the path to the nucleus
• Key words: myší polyomavirus, časná fáze infekce, minoritní kapsidový protein VP2, NLS, endoplasmatické retikulum, DNAJ B14, BiP
• English key words: mouse polyomavirus, early fase of infection, minor kapsid protein VP2, NLS, endoplasmatic reticulum, DNAJ B14, BiP
• Academic year of topic announcement: 2015/2016
• Thesis type: diploma thesis
• Thesis language: čeština
• Department: Department of Genetics and Microbiology (31-140)
• Supervisor: Sandra Huerfano Meneses, Ph.D.
• Author: hidden - assigned by the advisor
• Date of registration: 16.11.2015
• Date of assignment: 16.11.2015
• Date of electronic submission: 02.05.2017
• Date of proceeded defence: 09.06.2017
• Opponents: Mgr. Jan Weber, CSc.
• Advisors: doc. RNDr. Jitka Forstová, CSc.

Preliminary scope of work

Práce se bude zabývat interakcí minoritních proteinů myšího polyomaviru s buněčnými proteiny asociovanými s endoplasmatickým retikulem, které se podílejí na perforaci membrány virem. Studentka se také bude zabývat rolí NLS (jaderný lokalizační signál) minoritních proteinů v cílení virionů do jádra v častných fázích infekce. Diplomová práce bude zaměřena na následující otázky : i.) dochází k asociaci mezi MPyV a proteiny souvisejícími s translokonem ER či nikoli, konkrétně zda dochází k sestavení protein-virus foci v místech virové penetrace za účasti proteinů BAP31 a B14. ii.) Role nabitých N- terminálních aminokyselin (virových minoritních proteinů) v asociaci virionu s translokonem a membránou, konkrétně se jedná o aminokyseliny glutamát 17 a aspartát 10 iii) zda je vazba virionu do membrány vyžadována pro asociaci s proteiny teranslokonu testované na a.) námi dříve připravené virové mutantě MPyV∆HD2, která není schopena vazby do membrány a b.) VP1 only viru.
Dále se studentka bude podílet na projektu, který již probíhá v naší laboratoři, jehož cílem je definovat roli NLS (jaderného lokalizačního signálu) strukturních proteinů VP1 a VP2/3 v cílení viru do buněčného jádra v časných fázích infekce.

Preliminary scope of work in English

Studies on the Interaction of mouse polyomavirus minor proteins with the ER- related proteins require for viral ER membrane perforation and role of NLS of minor proteins in the targeting of genomes to nucleus during early phases of infection. Thesis will be focus on understanding i) whether or not MPyV associate with ER translocon related proteins, specifically BAP31 and B14 by forming protein-virus foci penetration sites ii) The role of N-charged terminal aminoacids in viral association with translocon, specifically Glutamic acid in position 17 and/or aspartic acid in position 10 and iii) whether or not membrane binding is require for virus association with the translocon related proteins by using a)our previous prepared mutant MPyV∆HD2 virus which is defective in ER membrane binding and b) VP1 only virus.
Additionally student will be also be part of a project that is already running in the lab that attempts to define the role NLS (nuclear localization signal) of structural proteins VP1 and VP2/3 in targeting of virus to cell nucleus during early steps of infection.