Objasnění druhových hranic v sekci Restricti rodu Aspergillus na základě multigenové fylogeneze a analýzy fenotypu
| Thesis title in Czech: | Objasnění druhových hranic v sekci Restricti rodu Aspergillus na základě multigenové fylogeneze a analýzy fenotypu |
|---|---|
| Thesis title in English: | Species limits within Aspergillus section Restricti inferred from multiple gene phylogenies and phenotype analysis |
| Key words: | Aspergillus restrictus, osmofilní houby, delimitace druhů, model mnohodruhové koalescence, multigenová fylogeneze, osmotický gradient |
| English key words: | Aspergillus restrictus, osmophilic fungi, species delimitation, multispecies coalescent model, multigene phylogeny, osmotic gradient |
| Academic year of topic announcement: | 2014/2015 |
| Thesis type: | diploma thesis |
| Thesis language: | čeština |
| Department: | Department of Botany (31-120) |
| Supervisor: | MUDr. Mgr. Vít Hubka, Ph.D. |
| Author: | hidden - assigned by the advisor |
| Date of registration: | 19.10.2014 |
| Date of assignment: | 19.10.2014 |
| Date of electronic submission: | 15.08.2016 |
| Date of proceeded defence: | 14.09.2016 |
| Opponents: | Mgr. Karel Janko, Ph.D. |
| Preliminary scope of work |
| Význam druhů sekce Restricti je především hospodářský (znehodnocování skladovaného krmiva a potravin) a klinický (alergie, zřídka i patogeni člověka). Tato sekce je jednou z posledních v rodu Aspergillus, která zatím nebyla revidována v moderní taxonomické éře. Cílem této práce je provést taxonomickou revizi sekce Restricti s využitím polyfázického přístupu. Pro analýzu bude použito přibližně 130 izolátů pocházejících z různých zemí (USA, Česká republika, Belgie, Nizozemí, Japonsko, Brazílie, aj.) a substrátů (ovzduší budov, obiloviny, potraviny, klinický materiál, aj.). Výsledkem této revize by mělo být vytvoření nového druhového konceptu pro halofilní druhy Aspergillus, včetně popsání několika nových druhů náležejících do sekce Restricti. Práce by měla také sloužit jako modelová studie používající polyfázický přístup v taxonomii osmofilních skupin hub vůbec. Taxonomie těchto skupin má totiž zatím jen nejasné obrysy. Práce bude mít následující součásti: 1. Molekulárně genetická část: Získání sekvencí několika genů (β-tubulin, kalmodulin, ITS, RPB2, MCM7) a navazující fylogenetické analýzy. Zjištění genetického toku mezi pomyslnými nově navrhovanými taxony (tzv. pairwise homoplasy index, aj.) 2. Růst v teplotně-osmotickém gradientu (15-40 °C, konc. NaCl 0-25%). 3. Porovnání vzorků z hlediska makromorfologie na vybraných médiích (barva a tvar kolonií) a mikromorfologie (rozměry stonku, měchýřku a konidií), včetně použití skenové elektronové mikroskopie. 4. Porovnání profilů sekundárních metabolitů (HPLC). 5. Pokusit se molekulárně genetickými metodami zjistit pohlavní ladění anamorfních izolátů a indukovat pohlavní stádium in-vitro. |
| Preliminary scope of work in English |
| Section Restricti is one of the 23 sections of the important genus Aspergillus and one of the few that hasn´t been revised in modern taxonomic era. According to the latest molecular study it comprises 8 species, 7 with unknown sexual state and 1 sexual, homothalic species. All the representatives belongs to the osmophilic fungi and their isolation and cultivation requires special approach that´s why they are being often overlooked. The main aim of this study which comprises approximately 90 strains is to perform taxonomical revision of the section Restricti using polyphasic approach. The taxonomy will be resolved using multigene phylogeny based on the sequences of β-tubulin, calmodulin, ITS, RPB2, MCM7 genes; strains will be further compared with regard to macro- and micromorphology, physiology (grow in temperature-osmotic gradient) and secondary metabolites spectrum. Other goal of the study is to resolve the mating system and try to induce the sexual state. |