Využití metody paralelního sekvenování při stanovování zešikmení X inaktivace

• Thesis title in Czech: Využití metody paralelního sekvenování při stanovování zešikmení X inaktivace
• Thesis title in English: Use of massive parallel sequencing in determination of skewed X inactivation
• Key words: inaktivace chromozomu X, zešikmení X inaktivace, HUMARA, paralelní sekvenování
• English key words: chromosome X inactivation, skewed X inactivation, HUMARA, massive parallel sequencing
• Academic year of topic announcement: 2014/2015
• Thesis type: diploma thesis
• Thesis language: čeština
• Department: Department of Anthropology and Human Genetics (31-110)
• Supervisor: RNDr. Lenka Dvořáková, CSc.
• Author: hidden - assigned by the advisor
• Date of registration: 14.10.2014
• Date of assignment: 15.10.2014
• Date of electronic submission: 28.04.2016
• Date of proceeded defence: 31.05.2016
• Opponents: prof. Ing. Zdeněk Sedláček, DrSc.

Preliminary scope of work

Hlavním cílem diplomové práce, vypracované na Ústavu dědičných metabolických poruch 1. lékařské fakulty UK a VFN v Praze pod vedením RNDr. Lenky Dvořákové, CSc., bude zhodnocení a posouzení možnosti využití metody paralelního sekvenování pro stanovení zešikmení X inaktivace u žen nesoucích mutaci v genu na jednom z chromozomů X. Tento metodický přístup umožňuje využití cDNA a kvantifikaci zastoupení transkriptu jednotlivých alel v buňkách. Výsledky získané metodou paralelního sekvenování budou srovnány s hodnotami zjištěnými pomocí metody HUMARA, která je v současné době využívána nejčastěji, ovšem není informativní pro přibližně 20 % žen. Zešikmení X inaktivace je v případě této tradiční metody stanovováno na základě methylačně senzitivní fragmentace DNA.
Metoda paralelního sekvenování by mohla poskytnout možnost efektivnější a přesnější analýzy zešikmení X inaktivace u heterozygotních žen a být použita při zkoumání asociace zešikmení X inaktivace a projevů X-vázaných onemocnění u žen. Paralelní sekvenování by tak mohlo být významnou metodikou pro výzkum i klinickou praxi. Vypracování diplomové práce bude podpořeno grantem.