Komparativní strukturní analýza povrchových virulentních faktorů Borreliella spp. se zaměřením na konzervovanost topologie jejich povrchu
| Thesis title in Czech: | Komparativní strukturní analýza povrchových virulentních faktorů Borreliella spp. se zaměřením na konzervovanost topologie jejich povrchu |
|---|---|
| Thesis title in English: | Comparative structural analysis of Borreliella spp. virulent factors focusing on their surface topology conservation |
| Key words: | bioinformatika, struktura proteinů, evoluční konzervovanost proteinů, vztah struktury a funkce, fylogeneze, mikroevoluce, "docking", klastrová analýza, ConSurf, proteinové databáze |
| English key words: | bioinformatics, protein structure, evolutionary structural conservation, structure-function relationship, phylogeny, microevolution, docking, cluster analysis, ConSurf, proteome databases |
| Academic year of topic announcement: | 2013/2014 |
| Thesis type: | Bachelor's thesis |
| Thesis language: | čeština |
| Department: | Department of Cell Biology (31-151) |
| Supervisor: | RNDr. Karel Drbal, Ph.D. |
| Author: | hidden - assigned by the advisor, waiting for guarantor's approval |
| Date of registration: | 07.11.2019 |
| Date of assignment: | 07.11.2019 |
| Date of electronic submission: | 07.06.2020 |
| Date of proceeded defence: | 08.07.2020 |
| Opponents: | RNDr. Jaroslav Nunvář, Ph.D. |
| Guidelines |
| MB151P125 Molecules of Life & Mutations MB151P117 Strukturní biologie buňky |
| References |
| Zdroje: Zásadní článek: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12499312 Další články: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24555888 Knihy: http://books.google.cz/books?id=cMMgypIrxocC http://books.google.cz/books?id=U94YCBvGe7MC http://books.google.cz/books?id=6fH49hvl1VIC http://books.google.cz/books?id=VWJDuuF5hsgC Web: http://www.thesgc.org/ http://proteopedia.org/wiki/index.php/Introduction_to_Evolutionary_Conservation SW: ConSurf: http://bioinfo.tau.ac.il/ConSurf/ PrankWeb: http://prankweb.cz/ 3DPatch: http://www.skylign.org/3DPatch/ Robetta: http://robetta.bakerlab.org/ PyMOL: http://www.pymol.org/ |
| Preliminary scope of work |
| Úkolem této práce je zhodnocení současných možností "public domain" nástrojů pro analýzu proteinové struktury, se zaměřením na evoluční konzervovanost a funkční vztahy mezi konzervovanou a dynamickou částí proteinového povrchu. Použitým modelem jsou povrchové virulentní faktory, které jsou použité k rutinní serologické diagnostice: OspC, OspA, OspB, OspE, VlsE, BB_K32, BmpA, DbpA, varianty. |
| Preliminary scope of work in English |
| The task is to review current advancement of public domain tools for protein structural analysis with a special focus on evolutionary conservation and functional relationship of conserved vs. dynamic fragments of protein surface topology. Use cases are surface virulent factors used in routine serological diagnostics: OspC, OspA, OspB, OspE, VlsE, BB_K32, BmpA, DbpA variants. |