Protein fosfatáz je výrazně méně než protein kináz, a proto musí obvykle fosfatáza rozpoznat místa, která jsou specificky fosforylována hned několika různými kinázami. Přesto mají i fosfatázy specifitu a nedokážou defosforylovat libovolnou fosforylovanou aminokyselinu. Substrátové specifitě fosfatáz však zatím nebylo věnováno mnoho pozornosti a to i přesto, že fosfatázy se podílejí na řadě významných onemocnění. V této práci se chceme zameřit na identifikaci faktorů zodpovědných za substrátovou specifitu duálních fosfatáz (DUSP), které umí defosforylovat jak fosfotyrozin, tak fosfoserin a fosfothreonin. V rámci práce bychom rádi také zmapovali evoluci této rodiny fosfatáz, která obsahuje u člověka 26 zástupců, neboť očekáváme, že nám informace o počtu zástupců v jednotlivých organizmech napoví o významu jednotlivých zástupců a poskytne indicie k hledání substrátové specifity. Práce bude čistě bioinformatická a bude zahrnovat jak práci se sekvencemi, tak strukturami DUSP proteinů. Základem bude vyhledání relevantních dat (včetně hledání ortologických sekvencí), a jejich srovnávání a to opět strukturní i sekvenční za maximálního využití malého množství experimentálních dat o specifitě DUSP proteinů.
- assigned by the advisor