Molekulární simulace konformací a vzájemných interakcí mezi proteiny a polyfenoly.
| Thesis title in Czech: | Molekulární simulace konformací a vzájemných interakcí mezi proteiny a polyfenoly. |
|---|---|
| Thesis title in English: | Conformations and mutual interactions of proteins and polyphenols with environment by molecular simulation methods. |
| Key words: | polyfenol|protein|molekulární simulace |
| English key words: | polyphenol|protein|molecular simulation |
| Academic year of topic announcement: | 2024/2025 |
| Thesis type: | Bachelor's thesis |
| Thesis language: | |
| Department: | Department of Chemical Physics and Optics (32-KCHFO) |
| Supervisor: | doc. RNDr. Miroslav Pospíšil, Ph.D. |
| Author: |
| Guidelines |
| Seznámení se se základy strukturní analýzy formou metod molekulárního modelování
Nastudování odborných publikací týkající se vodných roztoků a aktivity proteinů a polyfenolů ve vodných roztocích a vzájemné interakce (problematika Vodíkových můstků, Van der Waalsovy interakce, Coulombovské interakce) Provést analýzu dostupných freewarových programů pro akademické použití vhodných pro molekulární simulace molekul ve vodních roztocích a naučit se s nimi pracovat. Seznámit se s možnostmi použití různých typů silových polí na výše uvedené molekuly a diskutovat vhodnost použití jak programů tak silových polí na uvedené molekuly. Detailně popsat minimalizační strategie pro dané biologické molekuly v používaných programech. |
| References |
| V. Valvoda, M. Polcarová, P. Lukáč: Základy strukturní analýzy, Univerzita Karlova, Praha, 1992
Cerius - program na molekularní simulace - dokumentace na CD, San Diego, 2000 Odborné publikace Steve Scheiner: Hydrogen Bonding A Theoretical Perspective, Oxford University Press, 1997, Oxford Peter Comba, Trevor W. Hambley: Molecular Modeling of Inorganic Compounds, VCH, 1995, Weinheim Werner Gans, Anton Amann, Jan C.A. Boeyens: Fundamental Principles of Molecular Modeling, Plenum Press, 1995, New York and London Daan Frenkel, Berend Smit: Understanding molecular simulation, From Algorithms to Applications, Academic Press, 1990, San Diego Manuály použitých programů Přehledové publikace o vlastnostech zvolených biologicky zajímavých molekul. |
| Preliminary scope of work |
| Znalost vztahu mezi strukturou molekul a interakce mezi těmito molekulami je zásadní pro pochopení jejich chování ve vodných roztocích (agregace, komplementarita). Vztah struktury a vlastností bude v první řadě studován metodou molekulárně mechanických a dynamických simulací založených na empirických silových polích v různých typech dostupných programů pro molekulární modelování.
Počítačové simulace struktur budou kombinovány s dostupnými experimentálními metodami (IR spektroskopie, chromatografie a dalši). |
| Preliminary scope of work in English |
| Knowledge of the relationship between the structure of molecules and the interaction between these molecules is essential for understanding their behavior in aqueous solutions (aggregation, complementarity). The relationship between structure and properties will be primarily studied by the method of molecular mechanical and dynamic simulations based on empirical force fields in various types of available programs for molecular modeling.
Computer simulations of structures will be combined with available experimental methods (IR spectroscopy, chromatography, etc.). |