Stanovování metylací v promotorových oblastech genů řídících metabolismus 5 – fluorouracilu.

• Thesis title in Czech: Stanovování metylací v promotorových oblastech genů řídících metabolismus 5 – fluorouracilu.
• Thesis title in English: Determination of methylation in the promotor regions of genes, that control metabolism of 5-FU
• Key words: Kolorektální karcinom, 5-fluorouracil, CpG metylace, folátový metabolismus, MS-HRM analýza, prognóza onemocnění
• English key words: Colorectal cancer, 5-fluorouracil, CpG island methylation, folate metabolism, Methylation Specific-High Resolution Melting analysis, prognosis of the disease
• Academic year of topic announcement: 2012/2013
• Thesis type: diploma thesis
• Thesis language: čeština
• Department: Department of Genetics and Microbiology (31-140)
• Supervisor: MUDr. Pavel Vodička, CSc., DrSc.
• Author: hidden - assigned by the advisor, waiting for guarantor's approval
• Date of registration: 27.11.2012
• Date of assignment: 04.12.2012
• Date of electronic submission: 14.08.2015
• Date of proceeded defence: 11.09.2015
• Opponents: RNDr. Mgr. Radka Václavíková, Ph.D.

Preliminary scope of work

Stanovovani metylací v promotorových oblastech genů metebolismu cytostatika 5-Fluorouracilu (5-FU)

Úvod:Je známo, že cytostatická léčba 5-fluorouracilem (5-FU) zlepšujě přežívání u celé řady pacientů s různými typy karcinomů. Výše uvedená látka má největší impakt v léčbě nádorů tlustého střeva a konečníku. [Longley et al. Nat Rev Cancer 2003]. Aktivní metabolity 5-FU rozrušují jak DNA, tak i RNA syntézu mechanismem zahrnujícím folátovou metabolickou dráhu [Afzal et al. Ann Oncol 2009; Canman et al. Cancer Res. 1993]. 5-FU se v současné klinické praxi využívá k adjuvantní i paliativní léčbě nádorů kolorekta, žaludku, slinivky břišní, prsu, ovaria, děložního čípku, bronchogenních karcinomů, nádorů močového měchýře a prostaty. Hlavním zájmem školícího pracoviště jsou pak nádory zažívacího traktu, zejména kolorektální a pankratický karcinom. Celková úroveň odpovědi na terapii 5-FU u pokročilých forem kolorektálního karcinomu je 10–15%. Ačkoliv dobu přežití lze zvýšit současným přidáním irinotekanu a oxaliplatiny k léčebnému režimu 5-FU, tyto modifikace zvyšují toxicitu léčby [de Gramont et al. J. Clin. Oncol. 2000; Boige et al. J. Clin. Oncol. 2010]. Není pochyb, že odpověď na chemoterapii, celkové přežívání a s terapií spjatá toxicita jsou zatíženy interindividuální variabilitou, a to jak v oblasti metabolismu 5-FU, tak metabolismu folátů [Ulrich et al. Nature Rev. Cancer 2003]. Dvě práce, týkající se výše uvedené problematiky, byly školitelským pracovištěm publikovány v loňském roce [Pardini et al. Mutat. Res. 2011; Pardini et al. Br. J. Clin. Pharmacol. 2011]. V naší práci studujeme genetické varianty a epigenetické modifikace genů účastnících se výše uvedených procesů, byly identifikovány kandidátní geny metabolismu 5-FU vzhledem k jejich expresi a ve spolupráci s University Hospital Orebro, Švédsko, byl proveden pilotní experiment stanovující celogenomovou úroveň metylace u 12 pacientů s kolorektálním karcinomem.
Cíl:Stanovit hladinu metylací v CpG ostrůvcích promotorových oblastí kandidátních genů metabolismu 5-FU a folátů u dvou nezávislých skupin pacientů s kolorektálním karcinomem (Fakultní nemocnice v Praze a v Plzni). Zajímavé bude porovnání hladin metylací vybraných genů k mRNA expresi a expresi proteinů vzhledem ke klinickopatologickým charakteristikám a účinnosti chemoterapie (jde o dlouhodobější projekt, jehož je diplomová práce dílčí částí!).
Metodika:Metylace v promotorové oblasti MLH1 budou stanoveny metodou Methylation-sensitive high resolution melting (MS-HRM), v zásadě jak je popsáno dle (Slyskova J et al. Clin Cancer Res.2012 Nov 1;18(21):5878-5887).

Preliminary scope of work in English

Na speciální vyžádání přeložím.
PV