Detection of positive selection in reproductive genes of songbirds

• Thesis title in Czech: Detekce pozitivní selekce v reprodukčních genech pěvců
• Thesis title in English: Detection of positive selection in reproductive genes of songbirds
• Key words: evoluce, selekce, pěvci, spermie, samičí pohlavní trakt
• English key words: evolution, selection, songbirds, spermatozoa, female reproductive tract
• Academic year of topic announcement: 2020/2021
• Thesis type: diploma thesis
• Thesis language: angličtina
• Department: Department of Zoology (31-170)
• Supervisor: RNDr. Radka Reifová, Ph.D.
• Author: Mgr. Lukáš Cakl - assigned and confirmed by the Study Dept.
• Date of registration: 21.12.2020
• Date of assignment: 21.12.2020
• Confirmed by Study dept. on: 21.12.2020
• Date of electronic submission: 12.12.2023
• Date of proceeded defence: 24.01.2024
• Opponents: RNDr. Martin Těšický, Ph.D.

Preliminary scope of work

Cílem práce bude detekce pozitivní selekce v genomech dvou druhů slavíků, slavíka obecného a slavíka tmavého. Genomická data jsou již k dispozici. Cílem práce bude identifikace kódujících sekvencí v genomech, detekce synonymních a nesynonymních záměn mezi druhy a identifikace konkrétních genů na, které působí pozitivní selekce. Výsledky budou dané do kontextu speciace těchto dvou druhů pěvců.