Stochastická dynamika bublin v DNA
Thesis title in Czech: | Stochastická dynamika bublin v DNA |
---|---|
Thesis title in English: | Stochastic dynamics of DNA bubbles |
Key words: | bubliny v DNA, Polandův-Scheragův model, Fokkerova-Planckova rovnice, subdifuse |
English key words: | DNA bubbles, Poland-Scheraga model, Fokker-Planck equation, subdiffusion |
Academic year of topic announcement: | 2009/2010 |
Thesis type: | diploma thesis |
Thesis language: | angličtina |
Department: | Department of Condensed Matter Physics (32-KFKL) |
Supervisor: | doc. RNDr. Tomáš Novotný, Ph.D. |
Author: | hidden - assigned and confirmed by the Study Dept. |
Date of registration: | 09.11.2009 |
Date of assignment: | 19.08.2010 |
Date and time of defence: | 19.09.2011 00:00 |
Date of electronic submission: | 04.08.2011 |
Date of submission of printed version: | 04.08.2011 |
Date of proceeded defence: | 19.09.2011 |
Opponents: | prof. RNDr. Petr Chvosta, CSc. |
Guidelines |
1. porozumění fyzice konformační dynamiky DNA [1,2]
2. osvojení si základních principů stochastických metod [3-5] 3. modelování dynamiky DNA bubliny; spočtení pravděpodobnostní hustoty místa zániku bubliny se započtením efektů: - konečné délky - interakce (tj. entropického koeficientu) - subdifuzní dynamiky hran bubliny (efekty neuspořádanosti) - sekundární struktury |
References |
1. D. Poland and H. A. Scheraga, Theory of Helix-Coil Transitions in Biopolymers (Academic, New York, 1970)
2. R. Metzler, T. Ambjörnsson, A. Hanke, Y. Zhang, and S. Levene, J.Comput. Theor. Nanosci. 4, 1 (2007); http://arxiv.org/abs/physics/0609139v2 3. H. Risken: The Fokker-Planck Equation (Springer, Berlin, 2. vydání, 1989) 4. N. G. Van Kampen: Stochastic Processes in Physics and Chemistry (North Holland, Amsterdam, 2. vydání, 1992) 5. C. W. Gardiner: Handbook of Stochastic Methods for Physics, Chemistry and the Natural Sciences (Springer, Berlin, 3. vydání, 1994) 6. G. Altan-Bonnet, A. Libchaber, and O. Krichevsky, Phys. Rev. Lett. 90, 138101 (2003) 7. T. Novotný, J. N. Pedersen, M. S. Hansen, T. Ambjörnsson, and R. Metzler, Europhys. Lett. 77, 48001 (2007); J. Chem. Phys. 130, 164117 (2009) |
Preliminary scope of work |
Konformační dynamika DNA [1,2] je zajímavá kromě čistě fyzikálních důvodů mechaniky polymerů [1] rovněž svou potenciální důležitostí ve fyziologických procesech [2], a je tudíž intenzivně v poslední době studována jak experimentálně [6], tak i teoreticky [7]. Cílem této práce je uvedení studenta do tohoto moderního tématu a provedení rozšíření studie [7] na výpočet pravděpodobnostního rozdělení místa zániku bubliny (koalescence) a její doby života pod vlivem rozdílných, realističtějších (v porovnání s předchozímy přístupy) fyzikálních podmínek jako např. efektů konečné délky. Práce bude vypracována v součinnosti s Prof. Ralfem Metzlerem z TU Mnichov.
Podrobnosti u T. Novotného (KFKL, Ke Karlovu 5, místnost F061, e-mail: tno@karlov.mff.cuni.cz). |