Mikrokalorimetrické studium termodynamické stability hybridních komplexů nukleových kyselin
| Thesis title in Czech: | Mikrokalorimetrické studium termodynamické stability hybridních komplexů nukleových kyselin |
|---|---|
| Thesis title in English: | Thermodynamic Stability of Hybrid Nucleic Acid Complexes: Microcalorimetric Study |
| Academic year of topic announcement: | 2007/2008 |
| Thesis type: | diploma thesis |
| Thesis language: | čeština |
| Department: | Institute of Physics of Charles University (32-FUUK) |
| Supervisor: | prof. RNDr. Josef Štěpánek, CSc. |
| Author: | hidden - assigned and confirmed by the Study Dept. |
| Date of registration: | 11.10.2007 |
| Date of assignment: | 11.10.2007 |
| Date and time of defence: | 14.09.2009 00:00 |
| Date of electronic submission: | 14.09.2009 |
| Date of proceeded defence: | 14.09.2009 |
| Opponents: | RNDr. Hana Vaisocherová, Ph.D. |
| Guidelines |
| 1. Provést rešerši publikovaných prací o komplexech modifikovaných oligonukleotidů s přirozenou NA
a vypracovat přehled použitých metodik a získaných termodynamických údajů. 2. Na základě testovacích měření stanovit optimální parametry pro měření komplexů NA na DSC zařízení. Kalibrovat přístroj pomocí látek se známou měrnou tepelnou kapacitou. 3. Provést sérii měření duplexů tvořených analogy DNA oligonukleotidů a RNA cílovou sekvencí, vyhodnotit termodynamické charakteristiky, provést porovnání získaných dat a interpretovat je s ohledem na typy chemických modifikací u analog oligonukleotidů. |
| References |
| B. Alberts et al. ,Molecular biology of the cell, Garland Science, New York 2002 (vybrané části)
W. Saenger, Principles of nucleic acid structure, Springer, Berlin 1988 V.A.Bloomfield et al. , Nucleic Acids structures, properties and functions, Univ.Science Books, Sausalito 2000 Vybrané původní práce |
| Preliminary scope of work |
| Základní myšlenkou oligonukleotidové terapie je tvorba specifických komplexů mezi syntetickým
oligonukleotidem s modifikovanou chemickou strukturou cukr-fosfátové páteře a cílovou sekvencí na molekule nukleové kyseliny (NA), nejčastěji RNA. Pro vývoj a optimalizaci nových typů analog nukleotidů pro oligonukleotidovou terapii je důležité zjišťovat in vitro fyzikálně-chemické vlastnosti komplexů mezi syntetickým oligonukleotidem a cílovou molekulou NA. Mezi nejdůležitější charakteristiky patří termodynamické parametry a jejich citlivost na vnější podmínky. Diferenciální mikrokalorimetrie je citlivá technika umožňující tyto parametry měřit. Cílem práce je vypracovat metodiku pro stanoveni nejen změn termodynamických parametrů při rozpadu/vytvoření komplexu, ale i hodnoty měrné tepelné kapacity komplexu pod teplotou tání, a dále termodynamicky charakterizovat vybranou sérii syntetických oligonukleotidů z hlediska tvorby jejich komplexů s přirozenou NA. |