Porovnávání struktur RNA
| Thesis title in Czech: | Porovnávání struktur RNA |
|---|---|
| Thesis title in English: | Comparing RNA structures |
| Academic year of topic announcement: | 2006/2007 |
| Thesis type: | Bachelor's thesis |
| Thesis language: | čeština |
| Department: | Department of Software and Computer Science Education (32-KSVI) |
| Supervisor: | RNDr. František Mráz, CSc. |
| Author: | hidden - assigned and confirmed by the Study Dept. |
| Date of registration: | 10.11.2006 |
| Date of assignment: | 10.11.2006 |
| Date and time of defence: | 11.09.2007 00:00 |
| Date of electronic submission: | 11.09.2007 |
| Date of proceeded defence: | 11.09.2007 |
| Opponents: | RNDr. Petr Hoffmann, Ph.D. |
| Guidelines |
| Cílem je vytvořit program pro práci se sekvencemi RNA. Tyto sekvence lze získat z veřejně dostupných databází. Každá sekvence RNA se dá algoritmicky poskládat do sekundární struktury. Hlavním zaměřením programu bude práce se strukturami RNA, jejich porovnávání, ořezávání a hledání podobností. Výsledky musí být prezentovány v přehledné formě, aby byly použitelné pro potřeby biologů. |
| References |
| [1] Lidio Marx Carvalho Meireles, Tatsuya Akutsu: A Gibbs Sampling Approach to Detection of Tree Motifs, Genome Informatics 16(1): 34-43 (2005).
[2] Matthias Hochsmann: The Tree Alignment Model: Algorithms, Implementations and Applications for the Analysis of RNA Secondary Structures, PhD thesis, Technische Fakultät der Universität Bielefeld (2005). [3] Ivo L. Hofacker, Walter Fontana, Peter F. Stadler, L. Sebastian Bonhoeffer, Manfred Tacker, and Peter Schuster: Fast folding and comparison of rna secondary structures. Momathefte für Chemie, 125(1):167–188 (1994). [4] Neil C. Jones, Pavel A. Pevzner: An Introduction to Bioinformatics Algorithms, The MIT Press (2004). |