Optimalizace mikrovlnně podporované enzymatické proteolýzy pro identifikaci proteinu

• Thesis title in Czech: Optimalizace mikrovlnně podporované enzymatické proteolýzy pro identifikaci proteinu
• Thesis title in English: Optimization of microwave assisted enzymatic proteolysis for protein identification
• Academic year of topic announcement: 2007/2008
• Thesis type: diploma thesis
• Thesis language: čeština
• Department: Department of Analytical Chemistry (31-230)
• Supervisor: RNDr. Jana Sobotníková, Ph.D.
• Author: hidden - applied
• Date of registration: 24.10.2007
• Advisors: doc. RNDr. Josef Cvačka, Ph.D.

Guidelines

Hmotnostně spektrometrická analýza proteinů se v současné době neobejde bez použití enzymatické hydrolýzy, která umožňuje štěpit proteiny na dobře definovaných místech sekvence. Hydrolyzátů (směsi peptidů) se využívá při identifikaci proteinů jak metodou peptidového mapování tak při ?de-novo? určování struktury. Při popisu nové sekvence je většinou nutné použit více enzymů s různou hydrolytickou specifitou. Většina doposud využívaných metod enzymatické hydrolýzy je značně časově náročná (několik hodin). Čas nutný k enzymatickému štěpení proteinu je možné řádově zkrátit (několik desítek minut) použitím štěpení podporovaného mikrovlnným zářením. Mikrovlnná hydrolýza byla doposud studována pouze u nejběžnějších enzymů jako trypsin, chymotrypsin a Glu-C.
Cílem práce bude najít optimální podmínky pro mikrovlnnou hydrolýzu s využitím enzymů Arg-C, Asp-N, nebo Lys-C. Optimalizace bude prováděna na modelových proteinech a metoda bude poté ověřena na reálných vzorcích. Práce bude realizována ve spolupráci s Ústavem organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i. (RNDr. Josef Cvačka, Ph.D., Mgr. Miloslav Šanda), který garantuje jeho finanční zabezpečení.