Genomické a metabolomické metody u kožních infekčních chorob
| Thesis title in Czech: | Genomické a metabolomické metody u kožních infekčních chorob |
|---|---|
| Thesis title in English: | Genomic and metabolomic methods in skin infectious diseases |
| Key words: | infekční choroby, genomika, metabolomika |
| English key words: | infectioous diseases, genomics, metabolomics |
| Academic year of topic announcement: | 2024/2025 |
| Thesis type: | dissertation |
| Thesis language: | čeština |
| Department: | Dermatovenerologická klinika (14-370) |
| Supervisor: | MUDr. Jan Říčař, Ph.D. |
| Author: | |
| Advisors: | prof. Ing. Jaroslav Hrabák, Ph.D. |
| Preliminary scope of work |
| Cílem práce je vyšetřování kožních infekčních chorob s pomocí genomických a metabolomických metod jak pro diagnostiku nemocí, tak určení jejich vlastností (např. rezistence k léčbě).
Vzorky budou vyšetřeny pomocí metabolomických metod na hmotnostním spektrometru timsTOF. Identifikace signálu bude provedena pomocí komerčně dostupných databází. U vybraných pacientů bude provedena genomická analýza pro určení genotypu onemocnění a to pomocí masivně-paralelního sekvenování. Analýza může být dle typu infekce rovněž doplněna vyšetřením mikrobiomu, případně viromu Budou využívány výsledky rutinní diagnostiky a léčby infekcí prováděné na Dermatovenerologické klinice LF UK a FN Plzeň. Výzkum proběhne ve spolupráci několika pracovišť LF UK a FN Plzeň, a to Dermatovenerologické kliniky, Biomedicínského centra a Ústavu mikrobiologie. Kromě publikování výsledků a následné obhajoby doktorské práce je plánovaným výstupem doporučení pro diagnostickou a léčebnou praxi v ČR, založené na výsledcích analýz a současné zhodnocení možností využití analýz v každodenní praxi. |
| Preliminary scope of work in English |
| The aim of the thesis is to investigate skin infectious diseases using genomic and metabolomic methods, both for disease diagnosis and determining their characteristics (e.g., treatment resistance). Samples will be analyzed using metabolomic methods on a timsTOF mass spectrometer. Signal identification will be performed using commercially available databases. For selected patients, genomic analysis will be conducted to determine the genotype of the disease through massively parallel sequencing. Depending on the type of infection, the analysis may also be supplemented with microbiome or virome testing. Results from routine diagnostics and treatment of infections conducted at the Department of Dermatovenerology in Pilsen will be used. The research will be carried out in collaboration with several oter departments in Pilsen, namely the Department of Dermatovenerology, the Biomedical Center, and the Institute of Microbiology. In addition to publishing the results and the subsequent defense of the doctoral thesis, a planned outcome is recommendations for diagnostic and treatment practices in the Czech Republic, based on the results of the analyses and a current evaluation of the potential use of these analyses in everyday practice.
|