 | Ve čtvrtek dne 4. září 2025 v době od 20:00 do 22:00 dojde k odstávce webového prostředí a databáze systému WhoIs. Odstávka systému WhoIs se dotkne též systému IS Studium. Kromě omezení funkcionality související s napojením na WhoIs nebude ve většině případů možné odevzdávání závěrečných prací. Omlouváme se za komplikace a děkujeme všem, kterých se odstávka jakkoliv dotkne, za pochopení. |
Development of Advanced Glycomic Methods for Rapid Diagnosis of Infectious Diseases
| Thesis title in Czech: | Vývoj pokročilých glykomických metod pro rychlou diagnostiku infekčních onemocnění |
|---|---|
| Thesis title in English: | Development of Advanced Glycomic Methods for Rapid Diagnosis of Infectious Diseases |
| Key words: | Mikrobiologie; Infekční nemoci; Bakteriologie; Glykomika; Hmotnostní spektrometrie; MALDI-TOF MS; LC MS |
| English key words: | Microbiology; Infectious Diseases; Bacteriology; Glycomics; Mass Spectrometry; MALDI-TOF MS; LC MS |
| Academic year of topic announcement: | 2025/2026 |
| Thesis type: | dissertation |
| Thesis language: | angličtina |
| Department: | Ústav mikrobiologie (14-510) |
| Supervisor: | prof. Ing. Jaroslav Hrabák, Ph.D. |
| Author: |
| Preliminary scope of work |
| Polysacharidové struktury bakterií a mikromycet jsou významné z hlediska rychlé diagnostiky infekcí (např. C-polysacharid Streptococcus pneumoniae, galaktomanan, glukan u mikromycet). Univerzální analýza těchto důležitých komponent je však komplikována jejich velikostí a v případě hmotnostní spektrometrie i obtížnou ionizovatelností. Pokud se podaří vyvinout metody umožňující specifickou detekci a identifikaci patogenů přímo v klinickém materiálu, může se jednat o další výrazný posun v diagnostice závažných infekčních onemocnění (např. septických stavů). Práce bude zaměřena na vývoj nových glykomických metod pro účely rychlé mikrobiologické diagnostiky založené na hmotnostní spektrometrii. Budou vyvíjeny metody specifické izolace sacharidových struktur z klinického vzorku, jejich štěpení (fingerprinting), derivatizace získaných oligosacharidů a jejich analýza pomocí hmotnostní spektrometrie (LC MS). Práce bude vyžadovat pokročilé znalosti z organické chemie a biochemie, dále je vítána i znalost organické syntézy. |
| Preliminary scope of work in English |
| Polysaccharidic structures of bacteria and micromycetes are significant structures of the cells from a diagnostic perspective (e.g., C-polysaccharide of Streptococcus pneumoniae, galactomannan, glucan in micromycetes). However, universal analysis of those components is complicated by their molecular mass and, in the case of mass spectrometric analysis, by their ionization ability. If methods enabling specific detection and identification of pathogens by glycomic methods directly from clinical spoecimens are developed, it may represent a significant advancement in the diagnosis of severe infectious diseases. This work will focus on the development of new glycomic methods for rapid microbiological diagnostics based on mass spectrometry. Methods will be developed for the specific isolation of polysaccharides from clinical material, their fingerprinting, derivatization of the obtained oligosaccharides, and their analysis using mass spectrometry (LC-MS). The project will require advanced knowledge of organic chemistry and biochemistry. Previous experience with organic synthesis is also highly desirable. |