hidden - assigned and confirmed by the Study Dept.
Date of registration:
10.10.2024
Date of assignment:
10.10.2024
Confirmed by Study dept. on:
11.10.2024
Preliminary scope of work
Peroxisomy jsou kulovité organely o průměru 0,2-1,5 μm obklopené jedinou membránou, které se nacházejí ve všech eukaryotických buňkách a jsou nezbytné pro různé metabolické dráhy. Tyto organely jsou metabolickou křižovatkou, protože se v nich odehrává řada metabolických drah, jako je β-oxidace mastných kyselin a metabolismus reaktivních forem kyslíku a dusíku, přičemž poslední z nich hraje důležitou roli např. ve funkci samčího gametofytu. Rostlinné peroxisomy fungují ve spolupráci s jinými organelami, jako jsou mitochondrie, chloroplasty a olejová tělíska, prostřednictvím kontaktních míst, která umožňují výměnu metabolických produktů mezi těmito organelami. Peroxisomy jsou velmi plastické a pohyblivé a rychle se pohybují po aktinovém cytoskeletu. Naší hypotézou je, že cytoskelet se podílí na remodelaci peroxizomální membrány, protože jsme zjistili, že peroxizomy kolokalizují s faktory nukleujícími cytoskelet. Cílem je odhalit mechanismus interakce peroxizomů a cytoskeletu pomocí metod koimunoprecipitační analýzy/proteinové hmotnostní spektrometrie, superrezoluční mikroskopie a metod korelační světelné elektronové mikroskopie (CLEM). Identifikace proteinových interaktorů a jejich lokalizace pomocí CLEM umožní určit funkci cytoskeletu při remodelaci membrán peroxizomů. Uchazeči by měli mít zkušenosti s fluorescenční a/nebo konfokální mikroskopickou analýzou živých buněk.
Preliminary scope of work in English
Peroxisomes are spherical organelles of 0.2–1.5 μm diameter surrounded by a single membrane that are found in all eukaryotic cells and are essential for various metabolic pathways. These organelles are a metabolic hub as they host numerous metabolic pathways such as β-oxidation of fatty acids and metabolism of reactive oxygen and nitrogen species, the latter playing an important role, e.g., in the function of the male gametophyte. Plant peroxisomes function cooperatively with other organelles such as mitochondria, chloroplasts and oil bodies through contacts sites that enable exchange of metabolic products between these organelles. Peroxisomes are highly plastic and motile and move rapidly on the actin cytoskeleton. We suggested that the cytoskeleton is involved in peroxisomal membrane remodelling, because we found out that peroxisomes are associated with cytoskeleton-nucleating factors. The goal is to uncover the mechanism of peroxisome-cytoskeleton interaction by means of methods of co-immunoprecipitation/protein mass spectrometry analysis, superresolution microscopy and correlative light electron microscopy methods (CLEM). Identification of protein interactors and their localization co-by CLEM will allow to determine the function of the cytoskeleton in peroxisome membrane remodeling. Applicants should have the experience in fluorescence and/or confocal microscopic analysis of living cells.
- assigned and confirmed by the Study Dept.