Cílem práce je prozkoumat fototropickou reakci parožnatky Chara brunii s ohledem na potencionální roli auxinové signalizace (efekt IAA, NPA a dalších látek), roli kvality světla (modré, červené, zelené) a změn na úrovni buněčné stěny (in vivo barvení pomocí calcofluoru či JIM protilátek). Fototropická reakce bude zkoumána za různých světelných podmínek (červené, zelené a modré světlo) v speciálních kultivačních boxech. Dále bude sledována změna fototropických pohybů po aplikaci auxinu a inhibitoru NPA). Paralelně bude provedena bioinformatická analýza homologů rostlinných světelných receptorů a přidružených komponent v genomu parožnatky, včetně porovnání 3D struktur a interakční predikce nástrojem AlphaFold. Na fyziologické pokusy může navázat fosfoproteomická a transkriptomická analýza. Na buněčné úrovni bude hledána podstata změn tvaru buněk použitím barvení buněčných stěn (calcofluor, případně protilátky proti specifickým komponentům buněčné stěny), pokusíme se i etablovat mikroskopické sledování růstu parožnatky za užití vertikálního spinning disk mikroskopu kombinované se sledováním změn pH v okolí nodálních a internodálních segmentů.
Preliminary scope of work in English
The aim of the thesis is to investigate the phototropic reaction of the stonewort Chara brunii with respect to the potential role of auxin signaling (the effect of IAA, NPA and other substances), the role of light quality (blue, red, green) and changes at the level of the cell wall (in vivo staining with calcofluor or JIM antibodies).
