hidden - assigned and confirmed by the Study Dept.
Date of registration:
28.11.2023
Date of assignment:
28.11.2023
Confirmed by Study dept. on:
31.01.2024
Date of electronic submission:
29.04.2025
Date of proceeded defence:
17.06.2025
Opponents:
Mgr. Terézia Kurucová, Ph.D.
Advisors:
Ing. Pavel Abaffy, Ph.D.
References
- He H, Duo H, Hao Y, Zhang X, Zhou X, Zeng Y, Li Y, Li B. Computational drug repurposing by exploiting large-scale gene expression data: Strategy, methods and applications. Comput Biol Med. 2023 Mar;155:106671. doi: 10.1016/j.compbiomed.2023.106671. Epub 2023 Feb 12. PMID: 36805225. Review. - He B, Xiao Y, Liang H, Huang Q, Du Y, Li Y, Garmire D, Sun D, Garmire LX. ASGARD is A Single-cell Guided Pipeline to Aid Repurposing of Drugs. Nat Commun. 2023 Feb 22;14(1):993. doi: 10.1038/s41467-023-36637-3. PMID: 36813801; PMCID: PMC9945835. - Hsieh CY, Wen JH, Lin SM, Tseng TY, Huang JH, Huang HC, Juan HF. scDrug: From single-cell RNA-seq to drug response prediction. Comput Struct Biotechnol J. 2022 Dec 1;21:150-157. doi: 10.1016/j.csbj.2022.11.055. PMID: 36544472; PMCID: PMC9747355.
Preliminary scope of work
De novo vývoj léčiv představuje mimořádně složitý, časově náročný a nákladný proces. Použití stávajících léku v nové indikaci, tzv. repurposing léčiv, využívající rozsáhlé transkriptomové soubory dat, se ukázal jako slibná alternativa, která by mohla celý proces vývoje urychlit. Nedávné zavedení technologií profilování RNA v jednotlivých buňkách přišlo s příslibem potenciálního zlepšení tohoto procesu díky možnosti stanovení exprese jednotlivých genů na úrovni jednotlivých buněk. Plný potenciál této technologie pro repurposing léčiv však ještě nebyl zcela využit. Cílem této bakalářské práce je shrnout výzvy a příležitosti spojené s použitím jednobuněčné transkriptomiky k identifikaci nových indikací léků. S důrazem na kritickou roli transkriptomiky jednotlivých buněk práce poskytuje přehled o databázích, nástrojích a strategiích pro repurposing léčiv. V případové studii bude vybraný přístup použit k identifikaci nových kandidátů pro léčbu ischemického poškození mozku, s využitím vlastních transkriptomových dat. Shrnuto, tato práce si klade za cíl poskytnout vhled do možností transkriptomiky jednotlivých buněk při repurposingu léčiv a navrhnout nové kandidáty na léky pro léčbu mozkové mrtvice.
Preliminary scope of work in English
De novo drug development represents an exceedingly complex, time-consuming, and expensive process. Drug repurposing, utilizing large-scale transcriptomic datasets, has emerged as a promising alternative, accelerating the entire drug development pipeline. The recent introduction of single-cell RNA profiling technologies has presented a potential improvement to the process, offering insights into the expression of individual genes at the level of individual cells. However, the full potential of this technology for drug repurposing is yet to be realized. This bachelor thesis explores the challenges and opportunities associated with leveraging single-cell transcriptomics to identify new drug indications. Emphasizing the critical role of single-cell transcriptomics, the thesis navigates through databases, tools, and strategies in drug repurposing. In a case study, the selected analysis tool will be applied to identify new drug candidates for the treatment of ischemic brain injury, utilizing our own single-cell transcriptomic data from a mouse model. In summary, this thesis aims to provide insights into the possibilities of single-cell transcriptomics in computational drug repurposing and to propose novel drug candidates for the treatment of ischemic brain injury.
- assigned and confirmed by the Study Dept.