Exprese a charakterizace nové fungální chitindeacetylasy

• Thesis title in Czech: Exprese a charakterizace nové fungální chitindeacetylasy
• Thesis title in English: Expression and characterization of a novel fungal chitin deacetylase
• Key words: deacetylace; HPLC; chitooligosacharid; Pichia pastoris
• English key words: deacetylation; HPLC; chitooligosaccharide; Pichia pastoris
• Academic year of topic announcement: 2023/2024
• Thesis type: Bachelor's thesis
• Thesis language: čeština
• Department: Department of Biochemistry (31-250)
• Supervisor: doc. RNDr. Pavla Bojarová, Ph.D.
• Author: hidden - assigned and confirmed by the Study Dept.
• Date of registration: 22.11.2023
• Date of assignment: 27.11.2023
• Confirmed by Study dept. on: 26.01.2024
• Date of electronic submission: 22.08.2024
• Date of proceeded defence: 04.06.2025
• Opponents: RNDr. Helena Dračínská, Ph.D.
• Advisors: Ing. Kristýna Slámová, Ph.D.

References

[1] Mészáros Z, Nekvasilová P, Bojarová P, Křen V, Slámová K, 2021. Advanced glycosidases as ingenious biosynthetic instruments. Biotechnol. Adv. 49, 107733.
[2] Bojarová P, Kulik N, Hovorková M, Slámová K, Pelantová H, Křen V, 2019. The ß-N-Acetylhexosaminidase in the synthesis of bioactive glycans: protein and reaction engineering. Molecules 24, 599.
[3] Mészáros Z, Petrásková L, Kulik N, Pelantová H, Bojarová P, Křen V, Slámová K, 2022. Hypertransglycosylating variants of the GH20 β‐N‐acetylhexosaminidase for the synthesis of chitooligomers. Adv. Synth. Catal., 364, 2009-2022.

Preliminary scope of work

Chitooligosacharidy jsou cukerné oligomery složené z N-acetylglukosaminových a glukosaminových jednotek, které jsou známy svými biologickými aktivitami, např. antioxidační, protinádorovou a imunomodulační. Přestože má stupeň polymerace a acetylace chitooligosacharidů zásadní vliv na jejich vlastnosti i biologickou aktivitu, syntéza definovaných chitooligosacharidů je náročná a u vyšších chitooligomerů zatím nebyly možnosti syntézy dostatečně prostudovány [1]. V naší laboratoři jsou pomocí mutantních glykosidas připravovány plně acetylované chitooligosacharidy s různým stupněm polymerace [2,3].
Cílem bakalářské práce bude exprimovat a purifikovat novou chitindeacetylasu (EC 3.5.1.41) z fungálního zdroje. Připravený enzym bude charakterizován z hlediska svých katalytických schopností částečně nebo plně deacetylovat chitooligomery s různým stupněm polymerace.
Cíle práce:
· exprese nové fungální chitindeacetylasy v mikrobiálním expresním systému (Pichia pastoris), optimalizace purifikace enzymu
· studium schopnosti připraveného enzymu deacetylovat chitooligomery s různým stupněm polymerace
Metody: práce s DNA, transformace a kultivace P. pastoris, chromatografická purifikace proteinů, enzymová syntéza, TLC, HPLC, ESI-MS.