Anotace a validace struktur nukleových kyselin

• Thesis title in Czech: Anotace a validace struktur nukleových kyselin
• Thesis title in English: Annotation and validation of nucleic acid structures
• Key words: molekulární struktura, nukleové kyseliny, RNA, DNA, anotace, validace, párování bází, strukturní databáze
• English key words: molecular structure, nucleic acids, RNA, DNA, annotation, validation, base pairing, structural databases
• Academic year of topic announcement: 2023/2024
• Thesis type: Bachelor's thesis
• Thesis language: čeština
• Department: Department of Physical and Macromolecular Chemistry (31-260)
• Supervisor: prof. Ing. Bohdan Schneider, CSc.

Preliminary scope of work

Prostorové (3D) struktury nukleových kyselin, RNA a DNA, jsou komplikované molekulární objekty, jejichž geometrie musí splňovat přísná pravidla plynoucí z jejich chemického složení a jež je ovlivňována jejich interakcemi s jinými molekulami.
Správná anotace (zařazení jednotlivých struktur do strukturních tříd a jejich charakterizace pomocí komunitně schválenou sadou znaků) a validace (ověření přesnosti struktur) jsou důležitou oblastí strukturní biologie jejíž význam roste s objevy nových funkcí nukleových kyselin, zejména RNA molekul, například regulačních funkcí tak zvaných non-coding RNA (ncRNA).
Cílem studia je získat přehled o moderních přístupech k anotaci a validaci 3D struktur molekul RNA a DNA rešerší moderní vědecké literatury.

Preliminary scope of work in English

Spatial (3D) structures of nucleic acids, RNA and DNA, are complicated molecular objects whose geometry must meet strict rules resulting from their chemical composition and which are influenced by their interactions with other molecules.
Correct annotation (classification of individual structures into structural classes and their characterization using a community-approved set of characters) and validation (verification of the accuracy of structures) are fields of structural biology growing importance due to the discovery of new functions of nucleic acids, especially of RNA molecules, for example the regulatory functions of so-called non-coding RNA ( ncRNA).
The aim of the study is to provide an overview of modern approaches to the annotation and validation of 3D structures of RNA and DNA molecules by searching modern scientific literature.