Mikrodynamika klonálního růstu cytotypově smíšených populací Cardamine amara
| Thesis title in Czech: | Mikrodynamika klonálního růstu cytotypově smíšených populací Cardamine amara |
|---|---|
| Thesis title in English: | Microdynamics of clonal growth in cytotypically mixed populations of Cardamine amara |
| Key words: | Cardamine amara, klonalita, mikrosatelity, cytotypy |
| English key words: | Cardamine amara, clonality, microsatellites, cytotypes |
| Academic year of topic announcement: | 2023/2024 |
| Thesis type: | diploma thesis |
| Thesis language: | čeština |
| Department: | Department of Botany (31-120) |
| Supervisor: | RNDr. Gabriela Šrámková, Ph.D. |
| Author: | hidden - assigned and confirmed by the Study Dept. |
| Date of registration: | 26.10.2023 |
| Date of assignment: | 27.10.2023 |
| Confirmed by Study dept. on: | 01.02.2024 |
| Preliminary scope of work |
| Diplomová práce se bude zabývat mikrodynamikou cytotypově smíšených populací druhu Cardamine amara, a to jak na prostorové, tak časové škále. Druh Cardamine amara je na katedře botaniky dlouhodobě studován týmem prof. Marholda a tato práce poskytne detaily ohledně diskutované koexistence diploidních, triploidních a tetraploidních cytotypů v populacích a vhled do přežívání jednotlivých genet v prostoru i čase díky unikátnímu datasetu obsahujícím údaje o přesné pozici ("superpřesná" GPS ca 20 cm), ploidii a posléze i mikrosatelitovém profilu sesbíraných rostlin s pětiletou návazností (v tuto chvíli k dispozici data z posledních 3 let, 2 roky sběrů plánované v rámci DP). Odhalením četnosti genet triploidních jedinců v populaci a jejich přežívání v čase i prostoru bude možné korigovat i práce, které vznikly v posledních letech a které posuzují vliv triploidních jedinců na genový tok mezi zbylými dvěma ploidiemi na základě křížících pokusů. Zájmové cytotypově smíšené lokality byly vybrány dvě - Hliňánky a Lipí, každá s jinou dynamikou genetického vztahu 2x-3x-4x (data Paolo Bartolič, nepublikované), navíc v rámci každé lokality byly vybrány dvě sublokality, které vždy zastupují prostor méně a více ovlivěn lidskou činností. Materiál: vybrány 2 zájmové cytotypově smíšené lokality; k dispozici sběry z posledních 3 sezón se zaznamenanými GPS koordinátami, změřenou ploidií všech jedinců a genetickým materiálem v silikagelu pro molekulární analýzy; v plánu sběry z dalších 2 sezon pro účely DP Metody: průtoková cytometrie (již zoptimalizovaný protokol), SSR analýzy (k dispozici 16 otestovaných primerových párů), analýza klonality na základě molekulárních markerů, mapování mikrodynamiky v prostoru a čase |
| Preliminary scope of work in English |
| The thesis will deal with the microdynamics of cytotypically mixed populations of Cardamine amara, both on spatial and temporal scales. The species Cardamine amara has been studied at the Department of Botany for a long time by the team of prof. Marhold and this work will provide details on the discussed coexistence of diploid, triploid and tetraploid cytotypes in populations and insight into the survival of individual genets in space and time, thanks to a unique dataset containing data on the exact position ("super-precise" GPS ca. 20 cm), ploidy and eventually microsatellite profile of collected plants with a 5-year follow-up (data from the last 3 years available at the moment, 2 years of collections planned within the DP). By revealing the gene frequency of triploid individuals and their survival over time and population space, it will also be possible to revise work that has been done in recent years assessing the effect of triploid individuals on gene flow between the other two ploidy-based crossing experiments. Two cytotypically mixed localities of interest were selected - Hliňánky and Lipí, each with different dynamics of the 2x-3x-4x genetic relationship (data from Paolo Bartolič, unpublished); moreover, within each locality, two sub-localities were selected, each representing an area less and more affected by human activities. Material: 2 cytotypically mixed sites of interest selected; collections from the last 3 seasons available with GPS coordinates recorded, ploidy measured for all individuals and stored in silica gel for molecular analyses; planned collections from the next 2 seasons for DP purposes Methods: flow cytometry (already optimized protocol), SSR analyses (16 tested primer pairs available), clonality analysis based on molecular markers, mapping of microdynamics in space and time |