Víceúrovňové modelování Ramanovy optické aktivity biomolekul
| Thesis title in Czech: | Víceúrovňové modelování Ramanovy optické aktivity biomolekul |
|---|---|
| Thesis title in English: | Multi-scale modeling of Raman optical activity of biomolecules |
| Key words: | Ramanův rozptyl|chiralita|teorie elektronové hustoty|molekulová dynamika|vibrační spektroskopie |
| English key words: | Raman scattering|chirality|density functional theory|molecular dynamics|vibrational spectroscopy |
| Academic year of topic announcement: | 2024/2025 |
| Thesis type: | dissertation |
| Thesis language: | |
| Department: | Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i. (32-UOCHAV) |
| Supervisor: | prof. doc. RNDr. Petr Bouř, CSc. |
| Author: |
| Guidelines |
| Bude upřesněno, podrobnější informace bour@uochb.cas.cz, +420 220 183 348 |
| References |
| [1] L. D: Barron, Molecular light scattering and optical activity, Cambridge University Press, Cambridge, 2004.
[2] L. Nafie, Vibrational Optical Activity, Principles and Applications, J. Wiley, Chichester, 2011. [3] Krupová, M.; Kessler, J,; Bouř, P. ChemPlusChem 2020, 85 (3), 561-575. [4] Recent Trends in Chiroptical Spectroscopy: Theory and Applications of Vibrational Circular Dichroism and Raman Optical Activity. |
| Preliminary scope of work |
| Vibrační Ramanova optická aktivita (ROA) zaznamenává rozdílný rozptyl pravo a levotočivě polarizovaného světla. Spektra tak často poskytují unikátní informace o chování molekul v roztoku, ale jejich interpretace je závislá na komplexním teoretickém modelování. To zahrnuje popis interakce molekul se světlem i s okolím, a použití klasických i kvantových metod pro charakteristiku zkoumaných systémů. V práci se zaměříme na nejnovější experimentální a teoretické trendy, obtížně popsatelné současným teoretickým aparátem, jako je rezonanční ROA, chiralita anharmonických vibračních přechodů, a aplikace zahrnující nukleové kyseliny a funkční proteiny.
Předpokládané znalosti uchazeče na úrovni ukončeného magisterského studia v oboru biofyzika a chemická fyzika, znalost programování ve Fortranu vítána. |
| Preliminary scope of work in English |
| Vibrational Raman optical activity (ROA) measures differential scattering of right and left circularly polarized light. Spectra often provide unique information about the behavior of molecules in solutions, but their interpretation depends on complex theoretical modeling. This includes a description of interactions of molecules with the light and environment, and using quantum and classical methods to characterize studied systems. We will concentrate on the newest experimental and theoretical trends, still problematic for current theory apparatus, such as resonance ROA, the chirality of anharmonic vibrational transitions, and applications including nucleic acids and functional proteins.
Expected student knowledge corresponds to finished master studies in biophysics and chemical physics, Fortran programming is welcome. |