Současné genomické a cytogenomické metody v analýze chromozómových přestaveb

• Thesis title in Czech: Současné genomické a cytogenomické metody v analýze chromozómových přestaveb
• Thesis title in English: Current genomic and cytogenomic methods in analysis of chromosome rearrangements
• Key words: chromozómová fúze, genetické mapování, evoluční chromozómové zlomy, Hi-C, inverze, konzervovaná syntenie, optické mapování, sekvenování třetí generace, strukturní varianty, Zoo-FISH
• English key words: chromosome fusion, genetic mapping, evolutionary breakpoints, Hi-C, inversion, conserved synteny, optical mapping, third-generation sequencing, structural variants, Zoo-FISH
• Academic year of topic announcement: 2022/2023
• Thesis type: Bachelor's thesis
• Thesis language: čeština
• Department: Department of Genetics and Microbiology (31-140)
• Supervisor: Mgr. Alexandr Sember, Ph.D.
• Author: hidden - assigned and confirmed by the Study Dept.
• Date of registration: 10.11.2022
• Date of assignment: 10.11.2022
• Confirmed by Study dept. on: 23.01.2023
• Date of electronic submission: 03.08.2023
• Date of proceeded defence: 07.09.2023
• Opponents: RNDr. Terezie Mandáková, Ph.D.

Guidelines

Evoluční genetika (MB162P25) LS
Pokroky v molekulární cytogenetice (MB140P10) ZS
Methods in Genomics (MB151P129) LS
Practical Course of Evolutionary Genetics and Genomics (MB162C05) ZS

References

Damas J, et al. 2021. Annu Rev Anim Biosci. 9: 9.1–9.27
Wellenreuther M, Bernatchez L. 2018. Trends Ecol Evol. 33: 427–440.
Berthelot C, et al. 2015. Cell Rep. 10: 1913–1924.

Preliminary scope of work

Chromozómové přestavby hrají důležitou roli v architektuře a funkci genomu, reprodukční izolaci a diverzifikaci. Mohou být také původcem vrozených genetických vad nebo rakovinného bujení. Práce bude mít za cíl shrnout a charakterizovat současné metodologické přístupy v oblasti genomiky a cytogenomiky (včetně asociovaných bioinformatických nástrojů), které nám pomáhají mapovat mezidruhovou míru konzervované syntenie a identifikovat strukturní varianty, evoluční chromozomové zlomy a jejich genetický obsah.

Preliminary scope of work in English

Chromosome rearrangements have significant impact on genome architecture and function, reproductive isolation and diversification. They can also be the cause of congenital genetic disorders or tumorigenesis. The thesis will aim to summarize and characterize current methodological approaches in the field of genomics and cytogenomics (including associated bioinformatics tools), which help us map the level of conserved synteny between species, and identify structural variants, evolutionary chromosome breakpoints and their genetic content.