Introducing of an experimental approach to study mitotic translation in human cell lines.

• Thesis title in Czech: Zavedení experimentálního přístupu pro studium mitotické translace v lidských buněčných liniích.
• Thesis title in English: Introducing of an experimental approach to study mitotic translation in human cell lines.
• Key words: Translace, regulace translace; buněčný cyklus; mitóza; polysomové profilování; ribosomové profilování; stabilní lidské buněčné linie
• English key words: Translation; translation control; cell cycle; mitosis; polysome profiling; ribosome profiling; human stable cell lines
• Academic year of topic announcement: 2022/2023
• Thesis type: diploma thesis
• Thesis language: angličtina
• Department: Department of Genetics and Microbiology (31-140)
• Supervisor: RNDr. Tomáš Mašek, Ph.D.
• Author: hidden - assigned and confirmed by the Study Dept.
• Date of registration: 29.10.2022
• Date of assignment: 31.10.2022
• Confirmed by Study dept. on: 27.01.2023
• Date of electronic submission: 08.08.2024
• Date of proceeded defence: 12.09.2024
• Opponents: Ing. Tomáš Vomastek, Ph.D.
• Advisors: Khushboo Sharma, M.Sc.

Preliminary scope of work

Práce je zaměřena na stanovení translační účinnosti mRNA vybraných z publikovaných dat ribozomového profilování z G2, M a G1 fáze buněčného cyklu. U těchto mRNA budou publikovaná data ověřena nezávislou metodou polysomového profilování na lidských buněčných liniích RPE-1 a NcNc. Dále bude stanovena míra asociace s polyzómy ve všech fázích buněčného cyklu na buňkách získaných pomocí průtokové cytometrie a zpracovaných pomocí SSP-profilování. U mRNA s potvrzenou regulací translace v závislosti na fázi buněčného cyklu proběhne klonování nepřekládaných oblastí transkriptů do translačního reportéru s cílem identifikovat regulační elementy. Ovšem, tato část navrhované práce tvoří již určitou nadstavbu k základnímu cíli.