hidden - assigned and confirmed by the Study Dept.
Date of registration:
13.01.2023
Date of assignment:
13.01.2023
Confirmed by Study dept. on:
07.03.2023
Advisors:
prof. Ing. Jiří Patoka, DiS., Ph.D.
Preliminary scope of work
Práce se zaměří na analýzu diverzity vybrané skupiny nebo skupin akvarijních živočichů (ryb a korýšů), u nichž předběžná analýza dostupných molekulárních dat naznačuje možnou kryptickou diverzitu, existenci neznámých evolučních linií nebo problematickou systematiku. Cílem bude charakterizovat jedince získané z akvarijního trhu, od chovatelů a případně i importované z volné přírody, pomocí molekulárních markerů (zejména mitochondriálních genů používaných pro identifikaci druhů na základě sekvencí DNA, tzv. molekulární barcoding), a srovnat jejich molekulární diverzitu a fylogenetickou pozici s identifikací na základě fenotypických znaků. Získávání materiálu i následná identifikace bude prováděna v úzké spolupráci s experty na dané akvarijní skupiny. Výsledkem práce může být doplnění nebo korekce referenčních databází pro molekulární barcoding (pro použití při identifikaci importovaných druhů nebo studium výskytu nepůvodních druhů pomocí environmentální DNA), fylogenetické studie nebo systematické revize zaměřené na studované taxony. Práce bude primárně zaměřena na krdinálku činskou a sladkovodní krevety r. Neocaridina s možností rozšíření o další skupiny. Dalším úkolem bude identifikace taxonů s potenciální kryptickou diverzitou na zákaldě analýzy dostupných sekvencí v databázi Barcode of Life.
Preliminary scope of work in English
The project will focus on the analysis of the diversity of selected groups of aquarium ornamental animals (fish and crustaceans), for which our preliminary analysis of available DNA sequence data suggests possible cryptic diversity, the existence of unknown evolutionary lineages or pervading problems with systematics and nomenclature. The aim will be to characterize individuals obtained from the aquarium market, from breeders and possibly also from the wild, using molecular markers (especially mitochondrial genes used to identify species from DNA sequences, i.e., molecular barcoding), and compare their molecular diversity and phylogenetic position with identification based on phenotypic traits. (Acquisition of material and subsequent identification will be carried out in close cooperation with, or directly by experts on the respective aquarium taxa.) The work should result in update and correction of reference databases for molecular barcoding (to be used for speciment identification or monitoring of alien species by environmental DNA), phylogenetic studies or systematic revisions focused on the studied taxa. The model goups will include Tanichthys minnows and Neocaridina shrimps. AN additional aim is to identify other groups with potential cryptic diveristy through the anlaysis of existing sequences in the Barcode of Life Database.
- assigned and confirmed by the Study Dept.