Vývoj a optimalizace nízkomolekulárních proteinových ligandů jako nástrojů v molekulární biologii
| Thesis title in Czech: | Vývoj a optimalizace nízkomolekulárních proteinových ligandů jako nástrojů v molekulární biologii |
|---|---|
| Thesis title in English: | Development and optimization of low molecular weight protein ligands as tools in molecular biology |
| Key words: | Testování s vysokou propustností; peptidová syntéza; molekulární rozpoznávání; vývoj metod |
| English key words: | High-throughput screening; peptide synthesis; molecular recognition; method development |
| Academic year of topic announcement: | 2021/2022 |
| Thesis type: | dissertation |
| Thesis language: | čeština |
| Department: | Department of Physical and Macromolecular Chemistry (31-260) |
| Supervisor: | prof. RNDr. Jan Konvalinka, CSc. |
| Author: | hidden - assigned and confirmed by the Study Dept. |
| Date of registration: | 05.10.2021 |
| Date of assignment: | 05.10.2021 |
| Confirmed by Study dept. on: | 05.10.2021 |
| Date of electronic submission: | 24.04.2025 |
| Date of proceeded defence: | 24.06.2025 |
| Opponents: | Ing. Ondřej Baszczyňski, Ph.D. |
| prof. Andrea Brancale | |
| Preliminary scope of work |
| Peptidy tvoří synteticky dostupné a snadno derivatizovatelné lešení, na jehož základě je možno vyvíjet ligandy zaměřené na široké spektrum biologických cílů. Tradiční postup k identifikaci těchto výchozích peptidů je příprava a testování kombinatoriálních knihoven.
Za pomoci vyvinutých postupů kombinatoriální syntézy a in vitro evoluce budou hledány nízkomolekulární ligandy bioaktivních proteinů. Důraz bude kladen na imunologicky relevantní cíle (př. ligandy Fc-fragmentu protilátek) a endogenní (př. glutamát karboxypeptidasa II) a pathogenní proteasy (př. C. neoformans major aspartic protease I, M. tuberculosis serine hydrolase I). Během hledání bude srovnáván bude bottom-up evoluční přístup za pomoci automatizovaného mRNA display s top-down optimalizací a návrhem ligandů na základě struktury za pomocí paralelního peptidového syntetizátoru SPENSER. |
| Preliminary scope of work in English |
| Peptides are a synthetically available and easily derivatizable scaffold, which can be used to develop ligands aimed at a wide range of biological targets. The traditional procedure for identifying these starting peptides is to prepare and test combinatorial libraries.
Low molecular weight ligands of bioactive proteins will be sought with the help of developed methods of combinatorial synthesis and in vitro evolution. Emphasis will be placed on immunologically relevant targets (eg. Fc-antibody fragment ligands) and endogenous (eg. glutamate carboxypeptidase II) and pathogenic proteases (eg. C. neoformans major aspartic protease I, M. tuberculosis serine hydrolase I). The search will compare the bottom-up evolutionary approach using automated mRNA display with top-down optimization and structure-based ligand design using the SPENSER parallel peptide synthesizer. |