Raman Microspectroscopy Data Processing

• Thesis title in Czech: Zpracování dat z Ramanovy mikrospektroskopie
• Thesis title in English: Raman Microspectroscopy Data Processing
• Key words: Raman|vibrační spektroskopie|spektrální analýza|aplikace|Python
• English key words: Raman|vibrational spectroscopy|spectral analysis|application|Python
• Academic year of topic announcement: 2020/2021
• Thesis type: Bachelor's thesis
• Thesis language: angličtina
• Department: Department of Theoretical Computer Science and Mathematical Logic (32-KTIML)
• Supervisor: Mgr. Martin Pilát, Ph.D.
• Author: hidden - assigned and confirmed by the Study Dept.
• Date of registration: 21.09.2021
• Date of assignment: 28.09.2021
• Confirmed by Study dept. on: 07.10.2021
• Date and time of defence: 17.06.2022 09:00
• Date of electronic submission: 11.05.2022
• Date of submission of printed version: 16.05.2022
• Date of proceeded defence: 17.06.2022
• Opponents: Mgr. Marta Vomlelová, Ph.D.
• Advisors: RNDr. Ing. Jana Pilátová, Ph.D.

Guidelines

Ramanova mikrospektroskopie umožňuje mikrospektroskopicky zkoumat chemické složení různých materiálů včetně mikroorganizmů. Výstup z takového mikroskopu potom je obraz, kde v každém bodě je změřené celé Ramanovo spektrum. Na základě tohoto spektra potom lze určit chemické složení v každém bodě obrazu. Velkým problémem ale je právě dávkové zpracování dat z takových mikroskopů. Cílem práce je tedy vytvořit program, který právě takové zpracování zjednoduší.

Student prozkoumá existující literaturu o zpracování Ramanovských spekter a existující software pro jejich zpracování. Na základě nabytých znalostí potom vytvoří aplikaci, která bude umožňovat zpracování Ramanovských mikrospektroskopických dat jak jednotlivě, tak dávkově. Práce bude vypracována ve spolupráci s Fyzikálním ústavem UK a podle požadavků jejích uživatelů.

References

[1] Pan, Liangrui, Peng Zhang, Chalongrat Daengngam, Shaoliang Peng, and Mitchai Chongcheawchamnan. "A review of artificial intelligence methods combined with Raman spectroscopy to identify the composition of substances." Journal of Raman Spectroscopy (2021).
[2] Liu, Ya-Juan, Michelle Kyne, Cheng Wang, and Xi-Yong Yu. "Data mining in Raman imaging in a cellular biological system." Computational and Structural Biotechnology Journal, 18 (2020): 2920.