Temporální změny genetické a morfologické diverzity křemičitých zlativek (Stramenopiles, Chrysophyceae)
| Thesis title in Czech: | Temporální změny genetické a morfologické diverzity křemičitých zlativek (Stramenopiles, Chrysophyceae) |
|---|---|
| Thesis title in English: | Temporal changes in the genetic and morphological diversity of silica-scaled chrysomonads (Stramenopiles, Chrysophyceae) |
| Key words: | temporální dynamika na malé časové škále, Chrysophyceae, Synura, Mallomonas, transmisní elektronová mikroskopie, metabarcoding, time-lag analýza, turnover, enviromentální podmínky |
| English key words: | short-term temporal dynamics, Chrysophyceae, Synura, Mallomonas, transmision electron microscopy, metabarcoding, time-lag analysis, turnover, enviromental conditions |
| Academic year of topic announcement: | 2020/2021 |
| Thesis type: | diploma thesis |
| Thesis language: | čeština |
| Department: | Department of Botany (31-120) |
| Supervisor: | doc. Mgr. Pavel Škaloud, Ph.D. |
| Author: | hidden - assigned and confirmed by the Study Dept. |
| Date of registration: | 23.10.2020 |
| Date of assignment: | 23.10.2020 |
| Confirmed by Study dept. on: | 23.10.2020 |
| Date of electronic submission: | 09.08.2023 |
| Date of proceeded defence: | 06.09.2023 |
| Opponents: | doc. RNDr. Linda Nedbalová, Ph.D. |
| Preliminary scope of work |
| Základní data - Křemičité chrysomonády představují důležitou komponentu jarního a podzimního planktonu sladkovodních habitatů - Studie těchto organismů je většinou založena na identifikaci křemičitých šupin, pozorovaných v elektronovém mikroskopu - Planktonní organismy se často vyznačují vysokou temporální dynamikou, kdy se ze dne na den může významně změnit jejich druhové složení - Není jasné, zda křemičité šupiny odrážejí druhovou diverzitu v čase odběru, či jestli se v daných habitatech mohou dlouhodobě zachovávat i po zániku svých nositelů. Cíle práce - Analyzovat temporální dynamiku křemičitých chrysomonád na detailní časové ose - Porovnat genetickou a morfologickou druhovou diverzitu - Nalézt odpovědi na tyto otázky: --- Jak rychlé jsou změny společenstva druhů křemičitých chrysomonád? --- Dají se identifikovat příčiny pozorované změny společenstva? --- Jsou morfologické a genetické metody komplementární? --- Která metoda více reflektuje aktuální složení druhů na lokalitě? Metodika - Odběr vzorů na dvou lokalitách v blízkosti Třeboně (Podřezanská stoka a přilehlý rybník) v březnu či dubnu, opakovaně každé tři dyn - Měření základních parametrů lokality (teplota, Ph, konduktivita) - Odběr vody na chemické analýzy (TN, TP, TC, Si, Ca) - Odběr filtrovaného planktonního vzorku na i) metabarcoding (chrysofytní SSU-V4 + ITS1, bakteriální diverzita?), ii) analýzu šupin pomocí TEM, iii) izolaci buněk křemičitých chrysomonád rodů Mallomonas a Synura -Odběr nefiltrovaného planktonního vzorku, jeho fixace a pozdější identifikace dominant planktonních organismů (autotrofů i heterotrofů = predátorů) - Kultivace buněk ve WC a DY-V médiu, jejich genetická charakterizace pomocí Sangrova sekvenování ITS rDNA - Analýza dat (fylogenetické analýzy, zpracování metabarcoding sekvencí, ordinační analýzy, korelační analýzy, co-inertia analýzy, rozklad variance) |