Molecular characterization of the of transcription factor / nucleic acid interactions

• Thesis title in Czech: Molekulární charakterizace interakce transkripčních faktorů s nukleovými kyselinami
• Thesis title in English: Molecular characterization of the of transcription factor / nucleic acid interactions
• Key words: Bílkoviny, transkripční faktory, nukleové kyseliny, disociační konstanta, pulsní značení bílkovin, hmotnostní spektrometrie, Fosterův rezonanční přenos energie
• English key words: Proteins, transcription factors, nucleic acid, disociation constant, protein footprinting, mass spectrometry, Foester resonant energy transfer
• Academic year of topic announcement: 2020/2021
• Thesis type: dissertation
• Thesis language: angličtina
• Department: Department of Biochemistry (31-250)
• Supervisor: RNDr. Petr Novák, Ph.D.
• Author: hidden - assigned and confirmed by the Study Dept.
• Date of registration: 09.10.2020
• Date of assignment: 12.10.2020
• Confirmed by Study dept. on: 12.10.2020
• Advisors: Mgr. Marek Cebecauer, Ph.D.

Preliminary scope of work

V rámci disertační práce bude studována strukturní podstata interakcí vybraných transkripčních faktorů s DNA nebo dalšími proteiny pomocí kombinace biofyzikálních metod. Měření anizotropie bude sloužit k určení disociačních konstant, pulsní značení ve spojení s hmotnostní spektrometrii bude identifikovat strukturní elementy transkripčních faktorů zodpovědných za rozpoznání cílových DNA motivů a Försterův rezonanční přenos energie by měl určit orientaci vazby transkripčního faktoru na DNA.

Preliminary scope of work in English

The dissertation will study the structural nature of the interactions of selected transcription factors with DNA or other proteins using a combination of biophysical methods. Measurement of anisotropy will be used to determine dissociation constants, pulse labeling in combination with mass spectrometry will identify structural elements of transcription factors responsible for recognizing target DNA motifs, and Förster resonance energy transfer should determine the orientation of transcription factor binding to DNA.