hidden - assigned and confirmed by the Study Dept.
Date of registration:
05.11.2020
Date of assignment:
05.11.2020
Confirmed by Study dept. on:
05.11.2020
Date of electronic submission:
09.08.2023
Date of proceeded defence:
06.09.2023
Opponents:
RNDr. David Novotný, Ph.D.
Preliminary scope of work
Intestinální mykobiom hmyzu se skládá především s kvasinek s málo známou ekologickou funkcí. V případě kůrovců je mykobiom (na rozdíl od ektosymbiotických hub) velmi málo prozkoumán a čítá řadu nepopsaných rodů a druhů kvasinek. Cílem práce bude izolovat, kvantifikovat a identifikovat (DNA barcoding) hlavní kvasinkové symbionty larev kůrovce Ips typographus. Ke zjištění druhového spektra a četnosti bude použit jak kultivační přístup tak metabarcoding environmentální DNA. Metabolický profil dominantních kvasinkových druhů bude zjišťován pomocí fyziologických testů a studia celogenomické sekvence. Nejzásadnější taxony budou taxonomicky charakterizovány, včetně popisu potenciálních nových taxonů.
Preliminary scope of work in English
Intestinal mycobiom of insects is dominated by yeasts with little known ecological function. The intestinome of bark beetles, what is in great contrast to their well-studied ectosymbionts, is little explored and comprise numerous new genera and species. The aim of the thesis will isolation, quantification, identification (DNA barcoding) main yeast symbionts of the bark beetle Ips typographus. The microbial species spectrum will be assessed using cultivation as well as cultivation free (metabarcoding) based approach. Metabolic potential of the main symbionts will be studied using physiological tests and whole genomic data. The most important taxa will be taxonomically studied, which includes description of so far undescribed taxa.
- assigned and confirmed by the Study Dept.