Výzkum a vývoj genetických markerů jabloně pro polygenní rezistenci ke strupovitosti
| Thesis title in Czech: | Výzkum a vývoj genetických markerů jabloně pro polygenní rezistenci ke strupovitosti |
|---|---|
| Thesis title in English: | Genetic markers for apple scab polygenic resistance |
| Key words: | jabloň, polygenní rezistence, marker, strupovitost, Venturia inaequalis |
| English key words: | Apple, polygenic resistance, marker, apple scab, Venturia inaequalis |
| Academic year of topic announcement: | 2020/2021 |
| Thesis type: | dissertation |
| Thesis language: | čeština |
| Department: | Department of Experimental Plant Biology (31-130) |
| Supervisor: | RNDr. Helena Štorchová, CSc. |
| Author: |
| Preliminary scope of work |
| Příchod sekvence nové generace (NGS) způsobil revoluci v genomice a transkriptomické přístupy k biologii. Tyto nástroje jsou dnes také využívány pro nalezení, validaci a hodnocení genetických markerů v populacích, neboť umožňují analýzu tisíců genetických markerů napříč celým genomem, a to včetně druhů s velmi komplexními genomy. Nové metody lze použít ke studiu populací desítek nebo stovek jedinců, pro které dříve nebyly dostupné genomické zdroje. Stanice šlechtění jabloní ÚEB ČAV vytvořila celou řadu nových velmi úspěšných odrůd jabloní, které se pěstují po celém světě. V současné době se snaží využívat moderní genomické přístupy ve svém šlechtitelském programu.
Projekt předpokládá využití NGS v kombinaci s metodami detekce SNP s vysokou hustotou pro nalezení velkého množství SNP markerů v kultivarech jabloně (Malus × domestica). Nalezené SNP markery bude možné později použít při vývoji genotypových testů, a to především pro detekci rezistence k houbovým chorobám jabloně. Pro tento účel plánujeme použití metody „genotyping-by-sequencing“ (GBS), která nám umožní vytvořit datový soubor pro genetické mapování v populaci F1 jabloně segregující v rezistenci ke strupovitosti popřípadě k padlí. Jelikož jabloň má vysoce heterozygotní genom, bude nutné pro analýzu nalezených SNP vyvinout a použít upravené metody i software, které nebudou závislé na úrovni ploidie, metody šlechtění a dostupnosti referenčního genomu. Validace SNP bude prováděna pomocí klasické TaqMan SNP Genotyping Assay nebo pomocí tzv. OpenArray® technology, která umožňuje multiplexní testování SNP markerů s využitím RT-PCR. |