Aberace chromosomu 5 u dospělých nemocných s myelodysplastickými syndromy (MDS)

• Thesis title in Czech: Aberace chromosomu 5 u dospělých nemocných s myelodysplastickými syndromy (MDS)
• Thesis title in English: Aberrations of chromosome 5 in adult patients with myelodysplastic syndromes (MDS)
• Key words: Myelodysplastické syndromy (MDS), chromosom 5, delece 5q, komplexní karyotypy, chromothripsis, FISH, mFISH/mBAND, aCGH
• English key words: Myelodysplastic syndromes (MDS), chromosome 5, deletion of 5q, complex karyotypes, chromothripsis, FISH, mFISH/mBAND, aCGH
• Academic year of topic announcement: 2019/2020
• Thesis type: diploma thesis
• Thesis language: čeština
• Department: Department of Genetics and Microbiology (31-140)
• Supervisor: doc. RNDr. Zuzana Zemanová, CSc.
• Author: hidden - assigned by the advisor, waiting for guarantor's approval
• Date of registration: 13.11.2019
• Date of assignment: 13.11.2019
• Date of electronic submission: 10.08.2021
• Date of proceeded defence: 09.09.2021
• Opponents: Mgr. Helena Urbánková, Ph.D.
• Advisors: RNDr. Libuše Lizcová, Ph.D.

Preliminary scope of work

Intersticiální delece dlouhých ramen chromosomu 5, del(5q), je nejčastější a prognosticky nejvýznamnější chromosomová aberace v buňkách kostní dřeně pacientů s myelodysplastickými syndromy (MDS). Nález samostatné del(5q) je spojen s dobrou prognózou, zatímco del(5q) zahrnutá v komplexních karyotypech je asociována s vysokým rizikem transformace do akutní myeloidní lukémie (AML). Rozsah del(5q) u jednotlivých pacientů je vysoce variabilní. Rovněž se ukazuje, že deletovaný chromosom 5 je velmi nestabilní a často vstupuje do dalších strukturních či komplexních aberací. U pacientů s agresivními formami MDS kromě toho často dochází k jeho úplnému nebo částečnému rozpadu (chromothripsis). Zatím není jasné, zda velikost delece hraje nějakou roli v jeho stabilitě a má přímou souvislost se vznikem různých fenotypů u MDS pacientů. Cílem diplomové práce bude studovat nebalancované aberace chromosomu 5 v diagnostických vzorcích u pacientů s různými subtypy MDS, porovnat rozsah deletovaného segmentu ve skupinách nemocných s izolovanou delecí a s komplexními karyotypy (CK) a posoudit vztah velikosti del(5q) a mutací genu TP53.
K řešení diplomové práce budou použity molekulárně cytogenomické metody (mFISH/mBAND, I-FISH, aCGH/SNP, NGS).
Materiál pro retrospektivní molekulárně cytogenetické analýzy bude zajištěn z archivu vzorků Centra nádorové cytogenomiky. Kromě toho budou prospektivně vyšetřeny vzorky buněk kostní dřeně odebrané v rámci rutinních vyšetření u nemocných s nově diagnostikovanými MDS.
Finanční podpora diplomové práce je zajištěna výzkumnými granty řešenými na pracovišti školitele (grant RVO-VFN64165 atd.).
Výsledky získané při řešení diplomové práce budou využity jako podklady pro odborné publikace a budou presentovány na odborných konferencích.