Porovnání metabarcodingu a morfologických přístupů pro analýzu diverzity společenstev protist

• Thesis title in Czech: Porovnání metabarcodingu a morfologických přístupů pro analýzu diverzity společenstev protist
• Thesis title in English: A comparison of metabarcoding and morphology‐based identification of protist communities
• Key words: metabarcoding, diverzita, protista, mikroskopie, taxonomie, enviromentální DNA (= eDNA), morfologické určení druhů, 18S rRNA
• English key words: metabarcoding, protists, diversity, microscopy, taxonomy, environmental DNA (= eDNA), morphology-based identification, 18S rRNA
• Academic year of topic announcement: 2019/2020
• Thesis type: Bachelor's thesis
• Thesis language: čeština
• Department: Department of Botany (31-120)
• Supervisor: doc. Mgr. Pavel Škaloud, Ph.D.
• Author: hidden - assigned by the advisor
• Date of registration: 08.11.2019
• Date of assignment: 08.11.2019
• Date of electronic submission: 08.06.2020
• Date of proceeded defence: 09.07.2020
• Opponents: Mgr. Jana Steinová, Ph.D.

References

Pierre Taberlet, Aurélie Bonin, Lucie Zinger, and Eric Coissac: Environmental DNA For Biodiversity Research and Monitoring, 2018.
Samostatně nalezené publikace týkající se tématu práce.

Preliminary scope of work

Cílem práce je porovnání metabarcodingu a morfologických přístupů pro analýzu diverzity společenstev protist. V první kapitole bude definován princip metabarcodingu, specifikovány otázky na které nám tato metoda může pomoci najít odpovědi, a charakterizovány pozitiva a negativa použití metabarcodingu pro analýzu společenstev protist. Dále se tato kapitola zaměří na možnosti analýz získaných dat. Druhá kapitola bude představovat rešerši publikací, které porovnávaly metabarcoding s analýzou společenstev za použití tradičních mokroskopických technik. V závěru práce řešitelka shrne získané poznatky a uvede možná vysvětlení nesrovnalostí mezi výsledky analýz společenstev za použití dvou výše zmíněných přístupů.