Ovivnění vývoje epitelu uroteliálního traktu v modelu dania a medaky pomocí CRISPR/Cas9

• Thesis title in Czech: Ovivnění vývoje epitelu uroteliálního traktu v modelu dania a medaky pomocí CRISPR/Cas9
• Thesis title in English: CRIPSR/Cas9-mediated perturbation of urothelial epithelia in zebrafish and medaka models
• Academic year of topic announcement: 2017/2018
• Thesis type: diploma thesis
• Thesis language: čeština
• Department: Department of Genetics and Microbiology (31-140)
• Supervisor: RNDr. Karel Drbal, Ph.D.
• Author: hidden - assigned by the advisor
• Date of registration: 28.11.2018
• Date of assignment: 28.11.2018

Guidelines

MB140P86 Methods of functional genomics
MB151P80 Cytometrie
MB151P109 Seeing is Believing – Metody pozorování životně důležitých procesů v buňkách a organismech
MB151P102 Genomické metody
MB170P112 Proteomika
MS720P053 Organismus - řád i neřád
MB162P25 Evoluce genomu
MB120P121 Evoluce buňky
MB170P24 Evoluční genetika

References

Review
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25867848
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24848337
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29432158
3D modely
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25417113
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28399811
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26700682
scRNAseq
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26700682
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29700225
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29700227
Databáze
https://www.ebi.ac.uk/gxa/experiments/E-ERAD-475/Results
https://wiki.zfin.org/display/general/Anatomy+Atlases+and+Resources
https://bgee.org/
http://zebrafish.anatomyportal.org/

Preliminary scope of work

Vývoj uroteliálního epitelu je pod vlivem buněk pocházejících z mezodermu. V časné rybí embryogenezi dochází k masivnímu formování mezendodermu a vliv tohoto morfogenetického prostředí na vývoj primitivního vylučovacího ústrojí bude studovaný v rybích modelech dania a medaky.
V práci využijeme stávajících reporterových linií dania pro detekci účinku hlavních morfogenů a s využitím morholino a CRISPR/Cas9 budeme tlumit hlavní řídící geny pro vývoj urotelu. Ty budou vytipované na základě bioinformatické analýzy expresních 3D celoorganismálních modelů. Experimentální detekce bude založená na paralelním mikroskopickém měření ve tkáni a cytometrickém měření po disociaci celého urogenitálního traktu na jednobuněčnou suspenzi.
Cílem této práce je popis efektu vyřazení vybraných genů na vývoj a transformaci urotelu.
Dlouhodobým cílem této práce je příprava rybího modelu spontánní nádorové transformace ekvivalentu močového měchýře a potvrzení role hlavních řídících mutací.