Experimentální displejové metody pro afinitní evoluci in vivo
| Thesis title in Czech: | Experimentální displejové metody pro afinitní evoluci in vivo |
|---|---|
| Thesis title in English: | Experimental display methods in affinity evolution in vivo |
| Academic year of topic announcement: | 2018/2019 |
| Thesis type: | Bachelor's thesis |
| Thesis language: | čeština |
| Department: | Department of Cell Biology (31-151) |
| Supervisor: | RNDr. Karel Drbal, Ph.D. |
| Author: |
| Guidelines |
| MB140P33 Mikrobiologie Ivo Konopásek MB151P80E Cytometry Karel Drbal MB140P86 Methods of functional genomics Vladimír Beneš / Martin Pospíšek MB151P102 Genomické metody Martin Převorovský MB140P36 Genové inženýrství Václav Vopálenský MB130C52 Úvod do bioinformatiky Fatima Cvrčková MB120P147E R for life Martin Weiser MB120C15E Flash R course Martin Weiser |
| References |
| 1.Bowers, P.M. et al. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 108: 20455 (2011). 2.Chao, G. et al. Nat Protoc 1: 755 (2006). 3.Levin, K.B. et al. Nat. Struct. Mol. Biol. 16: 1049 (2009). 4.Lippow, S.M. et al. Nat. Biotechnol. 25: 1171 (2007). 5.Näsvall, J. et al. Science 338: 384 (2012). 6.Rockberg, J. et al. Nat. Methods 5: 1039 (2008). 7.Romero, P.A. et al. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 10: 866 (2009). 8.Wang, S. et al. Cell 160: 785 (2015). |
| Preliminary scope of work |
| Displejové metody, které jsou většinou založené na povrchovém vystavení knihovny vazebných struktur, dnes tvoří významnou část experimentálního postupu pro získání vysokoafinních vazebných látek. Alternativně můžeme testovat a selektovat pro unikátní vazebné charakteristiky, které jsou jiné než pouze vyšší afinita. Předmětem této práce je podat přehled o dostupných in vivo evolučních systémech pro povrchový displej a zároveň pro zvýšení mutační frekvence daného biologického systému s cílem zkrácení celého cyklu produkce / selekce / mutace. Účelem takové in vivo afinitní evoluce vazebných látek je sběr experimentálních dat pro pozdější in silico predikci vazebných interakcí, ale toto již není předmětem této bakalářské práce. Naopak součástí práce bude přehled a vymezení jednotlivých biologických systémů - od in vitro aptamerů a ribozomového displeje přes fágový displej až k vyšším organismům, včetně B-buněčného systému přirozené produkce protilátek. |