Vliv výdutě na termodynamickou stabilitu komplexu mikroRNA s cílovou sekvencí
| Thesis title in Czech: | Vliv výdutě na termodynamickou stabilitu komplexu mikroRNA s cílovou sekvencí |
|---|---|
| Thesis title in English: | The effect of bulge on the thermodynamic stability of miRNA complex with its target sequence |
| Key words: | biofyzika, nukleová kyselina, miRNA, UV absorpce |
| English key words: | biophysica, nucleic acid, miRNA, UV absorption |
| Academic year of topic announcement: | 2016/2017 |
| Thesis type: | project |
| Thesis language: | |
| Department: | Institute of Physics of Charles University (32-FUUK) |
| Supervisor: | prof. RNDr. Josef Štěpánek, CSc. |
| Author: | hidden - assigned by the advisor |
| Date of registration: | 30.03.2017 |
| Date of assignment: | 30.03.2017 |
| Advisors: | RNDr. Kateřina Hofbauerová, Ph.D. |
| Guidelines |
| Červen 2017 – seznámení se s aparaturou na měření UV absorpčních spekter a podmínkami měření, určení potřebného množství vzorku, objednání syntézy RNA.
Červenec až srpen 2017 – odblokování a kontrola dodaných vzorků, příprava roztoků s variantami přídavků K+, Mg2+ nebo Ca2+ iontů, změření teplotních závislostí UV absorpčních spekter. Září 2017 – vyhodnocení měření a sepsání zprávy. |
| References |
| Vybrané části z:
1. W. Saenger: Principles of nucleic acid structure. Springer, New York 1984 2. V. Prosser a kol.: Experimentální metody biofyziky. Academia, Praha 1989 3. S. M. Hammond, An overview of microRNAs, Advanced Drug Delivery Reviews, 87 (29) ,2015, 3–14, doi:10.1016/j.addr.2015.05.001 4. R. Homolka: Spektroskopické studium struktury a interakcí miRNA. Bakalářská práce, MFF UK, Praha 2016 |
| Preliminary scope of work |
| MikroRNA (zkráceně miRNA) jsou speciální krátké řetězce RNA, které buňky produkují a využívají k regulaci exprese genetické informace ve fázi, kdy je vytvořená molekula mRNA a je uvolněná z jádra. MiRNA byly objevené poměrně nedávno a jsou předmětem intenzivního biolékařského výzkumu s ohledem na jejich potenciální využitelnost v diagnostice nebo ve strategiích cílených chemoterapeutických zásahů. V kontrastu s tím je dosud poměrně málo známo o fyzikálně-chemických vlastnostech komplexů, které při svém působení tvoří miRNA s cílovou sekvencí na mRNA. Tyto komplexy mají totiž zpravidla podobu neúplného duplexu, kde jsou krátké úseky Watson-Crickových bázových párů přerušovány vnitřními smyčkami, nekomplementárními páry nebo výdutěmi.
Náplní projektu je studium vlivu výdutě (bulge), což je přítomnost nadpočetného nukleotidu v jednom řetězci, na termodynamickou stabilitu komplexu s ohledem na možný stabilizující vliv anorganického kationtu z okolního prostředí. Projekt bude řešený změřením a vyhodnocením teplotních závislostí UV absorpčních spekter směsných roztoků krátkých RNA sekvencí (7-merů), odpovídajících příslušnému úseku komplexu miRNA označované Let-7 s jejím cílovým úsekem LCS1 na mRNA lin-41 z Caenorhabditis elegans a s analogy úseku LCS1 se změněnou nebo vypuštěnou bází v místě výdutě. Studentský projekt souvisí s řešeným projektem GAČR, ze kterého v případě větší časové náročnosti bude možné získat další příspěvek pro řešitele. Bude rovněž možné v případě zájmu využít získané zkušenosti při řešení bakalářské práce. |