Termodynamika molekulárních motorů
| Thesis title in Czech: | Termodynamika molekulárních motorů |
|---|---|
| Thesis title in English: | Thermodynamics of molecular motors |
| Academic year of topic announcement: | 2017/2018 |
| Thesis type: | project |
| Thesis language: | |
| Department: | Department of Macromolecular Physics (32-KMF) |
| Supervisor: | RNDr. Artem Ryabov, Ph.D. |
| Author: |
| Guidelines |
| Řada životně důležitých biologických procesů uvnitř buněk probíhá díky práci mikroskopických strojů, tzv. molekulárních motorů [1,2]. Tyto motory zajišťují téměř veškerý nitrobuněčný pohyb a transport. Aby dokázaly plnit své úlohy, jsou tyto stroje schopny přeměny různých forem energie (např. chemické) na mechanickou práci. Zároveň kvůli svým malým rozměrům (motorem může být i jediná makromolekula [3]) je jejích dynamika výrazně ovlivněna fluktuacemi okolního prostředí. V této teoretické práci se zaměříme na popis stochastické dynamiky a termodynamiky molekulárních motorů. Na jednoduchém generickém modelu [4] budeme studovat stěžejní dynamické a termodynamické charakteristiky, a to buď analytickými, nebo numerickými (Monte Carlo) metodami. |
| References |
| [1] J. Howard, Mechanics of Motor Proteins and the Cytoskeleton (Sinauer, New York, 2001)
[2] A. B. Kolomeisky and M. E. Fisher, Molecular Motors: A Theorist's Perspective, Annual Review of Physical Chemistry 58, 675 (2007) [3] E. R. Kay et al., Synthetic Molecular Motors and Mechanical Machines, Angew. Chem., Int. Ed. 46, 72 (2007) [4] U. Seifert, Efficiency of Autonomous Soft Nanomachines at Maximum Power, Phys. Rev. Lett. 106, 020601 (2011) [5] N. G. Van Kampen, Stochastic processes in physics and chemistry (3rd ed., North-Holland Personal Library) [6] Odborná časopisecká literatura dle doporučení vedoucího |